Как свидетельствуют источники, Екатерина II действительно знала толк в политическом сыске и лично вникала во все тонкости того, «что до Тайной касается». Причина подобного пристрастия императрицы вполне объяснима, поскольку власть ее первоначально не была особенно прочна. Это впоследствии время правления Екатерины стало восприниматься дворянством как счастливый «золотой век», а вначале оно далеко не единодушно признало ее право на власть. Часть дворян вообще желала видеть на престоле малолетнего сына Екатерины II Павла, причем совершеннолетие последнего дало новый толчок подобным настроениям. Спустя два года после воцарения Екатерины офицер В. Мирович попытался осуществить государственный переворот и освободить заключенного в Шлиссельбургской крепости Иоанна Антоновича, также имевшего все права на корону, поскольку после смерти Анны Иоанновны именно он был провозглашен императором. Скоропостижная смерть мужа Екатерины Петра III была более чем подозрительна даже для непосвященных и закономерно породила слухи о том, что законный император жив, но где-то скрывается. Подобные настроения привели к появлению целого ряда самозванцев, несших в себе огромную потенциальную угрозу неверной супруге. «Золотой век» дворянства обернулся для крестьян дальнейшим усилением крепостного гнета, на что ответом стала последняя грандиозная крестьянская война 1773–1775 гг. под предводительством Е. Пугачева, который также объявил себя императором Петром III. Расследованием причин восстания, потрясшего сами устои Российской империи, также занималась госбезопасность. Поскольку личная жизнь императрицы была весьма далека от аскетизма, то многочисленные слухи, сплетни, шутки и прибаутки, ходившие по этому поводу в народе, также составляли предмет неослабевающего интереса политического сыска. И это были лишь некоторые причины, побуждавшие Екатерину II сохранять специальный орган для осуществления этого специфичного вида государственной деятельности.
Подавляющее большинство дел, по которым вел следствие этот «новый-старый» орган госбезопасности, как и прежде, были так или иначе связаны с «первыми двумя пунктами» указов 1715 и 1730 гг. Через Тайную экспедицию прошли в основном разбирательства по всем политическим процессам того времени. Являвшийся формально главой Экспедиции генерал-прокурор Сената А.И. Глебов лично докладывал о ее деятельности императрице, от которой получал указания, и, помимо нее, не был обязан отчитываться по этим вопросам ни перед кем. В 1764 г. Екатерина сместила А.И. Глебова и назначила генерал-прокурором князя А.А. Вяземского. Фактически же политическим сыском в империи руководил обер-секретарь Экспедиции С.И. Шешковский, бессменно занимавший этот пост в течение целых 30 лет.
«Просвещенная императрица» не могла не понимать, что пытка как средство получения показаний все более и более становится анахронизмом в глазах как отечественного, так и европейского общественного мнения, симпатии которого она так настойчиво старалась завоевать. В указе Сенату от 15 января 1763 г. по этому поводу говорилось: «Чтобы всех тех, кои в разные преступления впадают, обратить к чистому признанию больше милосердием и увещанием, а особливо изысканием по происшедшим в разные времена околичностям, нежели строгостью и истязанием, но стараться как возможно при таких обстоятельствах кровопролитие уменьшить». Далее подчеркивалось: «Когда при следствии какого дела неминуемо дойдет до пытки, в таком случае поступать с крайнею осторожностью и рассмотрением, и паче всего при том наблюдать, дабы иногда с винными и невинные истязания напрасно претерпеть не могли». Тем не менее пытка сохранялась как последний способ вырвать у подследственного истину: «Если же все способы не предуспевают, в таком уж случае дошедших к пыткам по законам пытать».
Сужение сферы применения пытки постарались заполнить действием религии. Для получения правдивых показаний с обвиняемым, равно как и с доносчиком, в начале следствия беседовал тюремный священник Петропавловской крепости, чьи действия стали называться «увещевание священническое». Важнейшей целью следователей как в рясах, так и в партикулярном платье было добиться от допрашиваемого не только чистосердечного признания, но и раскаяния в содеянном. Раскаяние под угрозой применения пытки в случае упорствования быстро превратилось в высшую форму признания под воздействием религиозного чувства. Широкому внедрению его в следственную практику в немалой степени способствовала и показная набожность С.И. Шешковского, отмечаемая современниками. При этом ставшее ритуалом раскаяние чрезвычайно упрощало розыск, делая ненужным не только улики и доказательства, но и пытку как способ получения признаний. Пытать в Екатерининскую эпоху действительно стали несколько реже, однако сенатское постановление от 15 мая 1767 г. указывало, что «пытки же производить, если же со увещевания не признаются». Окончательно пытки были отменены Александром I лишь в 1801 г.
