Рыцари этого военно-духовного ордена, основанного и Палестине в 1113 г., назывались также «госпитальеры (от «госпиталя», т. е. дома-приюта для паломников св. Иоанна в Иерусалиме), а после изгнания крестоносцев из Палестины и переноса своей резиденции сначала на Кипр в XIII в., а потом, в XIV в., на о-в Роане стали именоваться родосскими братьями. В 1522 г. турки, захватив Родос, изгнали иоаннитов и отсюда. Тогда рыцари и обосновались на Мальте (одновременно с Мальтой Карл V передал им о-в Гоцо и Триполи, захваченный в то время испанцами). С тех пор орден стал называться Мальтийским. Первый ступивший на Мальту магистр ордена, Филипп Вилье де Лиль-Адам, поклялся за себя и своих преемников «хранить права и свободы мальтийцев». Вначале это было нетрудно, так как рыцари жили обособленно от мальтийцев и доводы их состояли главным образом из поступлений от богатых латифундий ордена в различных странах Европы, а также от военной добычи. Активно занимались рыцари и пиратским промыслом «против турок и их союзников» (в качестве последних иногда фигурировали и европейские государства). В 1565 г. Мальтийский орден чуть было вновь не лишился своей резиденции, которую турецкий султан Сулейман Кануни (прозванный в Европе Великолепным) приказал взять во что бы то ни стало. Турецкие войска и флот под командованием знаменитого раиса (предводителя корсаров) Драгута, обосновавшегося на о-ве Джерба и мстившего всем христианам за страдания, перенесенные им ранее в плену у испанцев, изгнали мальтийских рыцарей из Триполи и вытеснили их (еще в 1551 г.) с о-ва Гоцо. После этого они блокировали 9-тысячный гарнизон Мальты и около четырех месяцев осаждали его с 40-тысячной армией и большим флотом (значительная часть которого была представлена алжирскими и триполийскими корсарами). После поражения турок и смерти командовавшего осадой Драгута великий магистр Жан! Паризо де Ла Валлетт, возглавлявший оборону Мальты, основал в 1566 г. новую столицу острова, названную по его имени Валлеттой. Поскольку многие мальтийцы участвовали в сражениях с турками и корсарами, то! с той поры они считают осаду 1565 г. выдающимся; событием в истории своей страны, а Жана де Ла Валлетта — своим национальным героем.
Разбогатев, рыцари утратили боевой пыл и стали больше эксплуатировать местное население. Притеснения со стороны ордена, особенно жестокие в XVII–XVIII вв., вызвали ряд восстаний и выступлений мальтийцев, а также турецких пленников и рабов-мусульман (благороднейшие рыцари не брезговали работорговлей).. Рабы и военнопленные, многочисленные и угнетаемые, составили заговор и едва не захватили остров в 1722 г., но в последний момент заговор был раскрыт. В 1775 г. восставший народ под водительством священника Маннарино захватил главные укрепления Мальты и заставил великого магистра Эмманюэля де Роана «восстановить хорошее управление и устранить злоупотребления». Однако владычество рыцарей близилось к концу. В 1798 г. Мальту захватил Наполеон Бонапарт, через шесть дней после этого отправившийся дальше, в Египет, а с 1800 г. Мальта, сдавшаяся после 14-месячной; блокады британскому флоту, стала на 160 с лишним лет английской колонией.
Англичане при захвате острова воспользовались не только преимуществом своего флота, возглавляемого знаменитым адмиралом Нельсоном, но и недовольством мальтийцев паразитизмом и грабительством рыцарей иоаннитов, восстановления господства которых на острове никто не хотел. Характерно, однако, что борьбу за Мальту с Францией англичане вели под предлогом якобы возвращения острова мальтийским рыцарям В этой связи интересно отметить, что именно в период французской оккупации острова великим магистром ордена был номинально провозглашен российский император Павел I. При нем звание мальтийского рыцаря получили некоторые русские деятели, в частности А. В. Суворов. Практически, однако, Павлу I так и не довелось управлять Мальтой. Английской дипломатии возведение императора в сан великого магистрат, нужно было лишь как маневр по вовлечению России и коалицию против Франции. И британцы вовсе не собирались платить по счету, когда дело было сделано, и гем более потом, когда их флот захватил Мальту, а II.шел 1 в это время уже помирился с Францией и л, иже заключил союз с только что взявшим власть в Париже первым консулом Наполеоном Бонапартом.