Создан 8.8.1938 на территории Австрии, в 30 км от Линца и в 5 км от станции Маутхаузен (Уппер). Первоначально являлся филиалом концлагеря Дахау. Первыми его заключенными (прибывшими в лагерь 8.8.1938) стали арестованные политические противники нацистов. В первые годы существования основной контингент комплектовался уголовными преступниками и «антисоциальными элементами». Состоял из 3 частей: собственно лагеря (32 барака), рабочей зоны и казарм СС. С марта 1939 – самостоятельный лагерь. В начале 1939—994 заключенных, в дек. 1939–2666. В 1940 в лагерь было доставлено 11 тыс. новых заключенных (в т. ч. испанцы, бежавшие во Францию от режима Франко и там арестованные). 20.10. 1941 в лагерь прибыла первая партия советских военнопленных (4205 чел.), позже для них внутри лагеря была выделена особая зона, получившая название «русский лагерь». Всего же за 1941 в М. поступило 18 тыс. новых заключенных, а в 1943—21 тыс. Максимального числа заключенные достигли в 1944—114 524 чел., а в марте 1945 в лагере находилось 84 000 заключенных. Из состава охраны в лагере назначались раппортфюреры (Rapportfü hrer), руководители службы работ (Arbeitsdienstführer), руководители использования заключенных (Arbeitseinsatzführer) и блокфюреры (Blockführer). Кроме того, в лагере существовала целая система должностных лиц, назначаемых из числа заключенных: лагерный староста (Lagerдlteste), лагерный писарь (Lagerschreiber), старосты блоков (Blockдlteste), писари блоков (Blockschreiber) и старосты камер (Stubenдlteste).
Имел 49 филиалов и внешних команд, в т. ч.: Амштеттен (два лагеря); Афленц; Бахманнинг; Бретштейн; Вельс; Вена (Afa-Werke); Вена (Saurer-Werke); Вена-Швехат; Вена-Шёнбрунн; Винер-Нойдорф; Винер-Нойштадт; Грейн; Гроссрамминг; Гузен I; Гузен II (Сент-Георген); Гузен III (Люнгитц); Гунскирхен; Дипполдзау; Клагенфурт; Клейнмюнхен (отделение Линца III); Лейбниц; Ленцинг; Линг; Линц I; Линц II; Линц III; Лойбл-Пасс Юг; Лойбль-Пасс Север; Мелк; Миттерзиль; Пассау I (лесная фабрика); Пассау II; Пеггау; Редль-Ципф; Сент-Агид; Сент-Валентин; Сент-Ламбрехт; Тернберг; Фёклабрюк-Варгайн; Флорисдорф; Хартгейм (не был официальным филиалом Маутхаузена, но многие заключенные отсюда попадали в Маутхаузен и Дахау); Хинтербрюль; Хиртенберг; Штейр; Эбельсберг (отделение Линца III); Эбензее; Эйзенерц; Эннс.
За время существования лагеря через него прошло около 335 тыс. заключенных из 15 стран. Из них в лагере погибло 122 766 чел. (по зарубежным сведениям – 119 тыс. чел.), в т. ч. более 32 тыс. граждан СССР, 30 тыс. поляков и 38 тыс. евреев. 5.5.1945 освобожден частями 1-й американской бронетанковой дивизии, причем накануне эсэсовцы ликвидировали всех заключенных, работавших в крематории и казармах СС.
После окончания войны ряд сотрудников администрации лагеря был привлечен к суду (см.
Коменданты: штурмбаннфюрер СС Альберт Зауер (8.8.1938—16.2.1939); оберштурмбаннфюрер СС Франц Цирайс (с 2.1939); оберштурмбаннфюрер СС Мартин Вейсс (11.1943—4.1944).