Помимо определенных технических по своему характеру вопросов, которые касались внутреннего аппарата армии, методов командования, альтернативы — партизанщина или военные специалисты, в дискуссии на VIII съезде была затронута гораздо более важная проблема. В начале 1919 года выяснилось, что положение армейских партийных организаций изменилось в соответствии с теми условиями, в которых им приходилось действовать. Армия функционировала как единый организм. Дискуссия о принципах командования армией поставила на обсуждение вопрос о центральном административно-командном принципе. Этот вопрос нельзя рассматривать в отрыве от организационных принципов, сложившихся в большевистской партии в годы подполья. Большевикам никогда не были чужды идеи иерархической подчиненности сверху донизу. Под влиянием обстановки, сложившейся в годы гражданской войны, этот принцип стал первоочередным и всеобщим. Его значение вышло за рамки армии. Он проник в партию, Советы. Принцип иерархической подчиненности охватил все общественные организации. Таким образом, дискуссия, проходившая на VIII съезде, в определенном смысле высвечивала возможные контуры развития общества в ближайшем будущем.
В декабре 1918 года обострилась обстановка на Восточном фронте. Белогвардейские части под командованием адмирала Колчака добились значительных военных успехов на Урале. Один из крупнейших городов — Пермь пришлось сдать. Обстановка в 3-й армии стала катастрофической. Командиры были не в состоянии справиться с обстановкой на фронте. Ленин считал, что туда нужно направить Сталина и запросил мнение Троцкого. Троцкий телеграммой выразил свое согласие, отметив, что Сталин должен быть послан с полномочиями от партии и Реввоенсовета Республики для восстановления порядка, чистки командного состава и наказания виновных.
Сталин и Дзержинский 5 января 1919 года прибыли в Вятку, а затем через два дня в штаб 3-й армии. 27 января, выполнив свое поручение, они выехали в Москву. С места ими было послано два коротких отчета о высшей степени деморализации в армии и в тылу. Была выражена просьба о срочной присылке подкреплений. Уже в тот период Сталин и Дзержинский полагали, что ответственность ложится не только на местных командиров (в данном случае командующим армии был не военспец, а старый большевик М. М. Лашевич), но и на весь Реввоенсовет Республики, который своими директивами и приказами ослабил командование армии и фронта. Если в структуре командования не произойдут соответствующие перемены, подчеркивали они, тогда нельзя будет рассчитывать на успех на фронте. 31 января, уже в Москве, члены комиссии в своем отчете вновь указали на ошибки, допущенные высшим военным командованием. Они перечислили недостатки в общих принципах организации и формирования Красной Армии. В то же время было предъявлено обвинение командованию в том, что по его линии отдавались непродуманные приказы. «…Нетрудно понять, — подчеркивалось в отчете, — до чего несерьезно было отношение Реввоенсовета Республики и Главкома к своим же собственным директивам»[35]. Предложения Сталина и Дзержинского были использованы при реорганизации Реввоенсовета Республики. Косвенно предложения были направлены против Троцкого как председателя этого высшего военного органа. Помимо профессиональных военных вопросов предложения Сталина и Дзержинского содержали меры, направленные на крупные изменения в государственном и партийном аппаратах, в их контрольном механизме.
Весной 1919 года Сталин занял важные руководящие посты. Он стал членом первого состава Политбюро и Оргбюро ЦК РКП(б), а также был назначен наркомом Госконтроля (позднее наркомом Рабоче-крестьянской инспекции). В этот период он начал закладывать основы своей организационной власти, позднее набравшей большую силу.