Почти одновременно с Лозовским был взят под стражу академик двух академий (АН и АМН СССР), директор Института биохимии АН СССР Я.О. Парнас, который в ходе первого же допроса с пристрастием скоропостижно скончался. Мертвые души в «Деле ЕАК» Сталину были не нужны, поэтому Парнас в связи с этим делом нигде больше не упоминается. Смерть Парнаса долго замалчивали. От его жены в течение нескольких лет продолжали принимать передачи.
Следователи МГБ начали методично выбивать из подследственных нужные для фабрикации дела признательные показания.
В книге Арно Люстигера «Сталин и евреи. Трагическая история Еврейского антифашистского комитета» (РОССПЭН, 2008) собраны многочисленные документы, показывающие, как это происходило:
«В следствии (по “Делу ЕАК”) участвовали в общей сложности 35 следователей – некоторые были преступниками за письменным столом, другие настоящими палачами. Например, Маркиша (известный еврейский поэт) подвергали продолжительным допросам, которые могли длиться до 17 часов, часто за полночь назначался ночной допрос, продолжавшийся до утра. Такое обращение применялось по отношению к Маркишу до 29 апреля. За это время ему пришлось провести в общей сложности 16 дней в тяжелейших условиях в темном карцере». В этих и других противоправных действиях с подследственными мучители впоследствии признавались сами, когда они были арестованы. Лину Штерн (академик Академии наук и Академии медицинских наук СССР, опубликовала более 400 научных работ по физиологии и биохимии. Она была награждена многими орденами и медалями. В 1943 году ей была присуждена Сталинская премия. Единственная из руководства ЕАК не была расстреляна) «28 января гражданский сотрудник МГБ привел к Абакумову, и тот сразу же заорал: “Мы все знаем! Признавайтесь! Вы сионистка, вы хотели оторвать Крым от России, чтобы создать там еврейское государство”. Когда она стала возражать, министр рявкнул: “Что ты врешь, старая шлюха!” (Она никогда не была замужем.) Затем Штерн сидела в Лефортовской и Лубянской тюрьмах. Один только следователь Рассыпнинский допрашивал ее 97 раз, но не смог узнать ничего конкретного и отягчающего. Поэтому следователи попытались истолковать ее международные контакты и визиты иностранных ученых в Советский Союз как шпионаж в интересах США в области атомной и бактериологической войны».
Бергельсон (писатель на идиш) …«позже показывал перед судом, как возникали протоколы следствия. Когда, например, следователь заявил, что Гольдберг – американский шпион, он удивленно спросил: “Да?” В протоколе же вопросительный знак был убран, а протесты Бергельсона были отвергнуты, и его принудили подписать протокол. Ту же технику конструирования протоколов описал перед судом и обвиняемый Ватенберг. Его следователь дал ему понять, что он – не “секретарь” подследственного, то есть записывал протоколы не с его слов, а изменял или фильтровал с точки зрения обвинения».
Большинство членов ЕАК, поняв, что им не удастся доказать свою правоту следователям, которые для достижения своей цели готовы были пойти на крайние меры, решили, что для них будет лучше, если они подпишут фальсифицированные протоколы допросов, сохранят свое здоровье и перенесут борьбу за свое честное имя в суд.