В конце 1938 года, когда государственный террор в стране стал ослабевать, Б. Брука приглашают для работы в Научную комиссию, созданную в 1935 году первым председателем облисполкома И. Либербергом. В докладной записке Б. Олевского рассматривается «Положение о Научной Комиссии», где отмечается, что «в качестве научного сотрудника по секции краеведения был приглашен тов. Брук /профессор, кандидат с/х наук/, который работал в 1-м полугодии по утвержденной Облпланом тематике и выполнил её», приводится перечень работ, выполненных научной комиссией. Среди них «организация в г. Биробиджане музея краеведения и программа отдела природы (т. Брук)».
Учитывая исключительное значение организации Краеведческого музея области, президиум облисполкома постановил в том числе:
«Организатором и руководителем Краеведческого музея утвердить т. Брука, работника Научной Комиссии, которому поручить представить смету и штатное расписание музея до 1/1-1940 г.»
Таким образом, профессор Б. Брук был назначен первым директором создаваемого в ЕАО краеведческого музея.
Как становится понятным из текста письма Б. Брука в комиссию по частной амнистии при Верховном Совете СССР с просьбой о снятии судимости, в 1939 году он делает повторную попытку снять висящую над ним, как Дамоклов меч, судимость. Он пишет: «За всё это время /1932-1939 г./ я не подвергался каким-либо взысканиям, как по линии тех учреждений, в которых я работал, а также не было случая ареста или каких либо репрессий по линии органов Государственной власти. В 1935 году был удостоен звания ударника за научную и общественную работу. В 1936 году мне было присуждено звание кандидата с/х наук». К письму были приложены: Справка ОГПУ об освобождении от 29/XI-32 года за № 14938/5; Характеристика с последнего места работы; Копия трудовой книжки о премировании званием ударника. Ответа на это письмо в семейном архиве не имеется, а его дочь и внучка подтвердили, что ничего им по этому поводу не приходило.
В июле 1943 года Б. Брук переезжает с семьёй в Хабаровск и поступает на работу в Дальневосточный научно-исследовательский Институт земледелия и животноводства в качестве старшего научного сотрудника. Его избирают председателем сельскохозяйственной секции Общества распространения знаний. С новой энергией он берётся за науку. Монография Б. Брука «Пшеница на Дальнем Востоке» стала основой его докторской диссертации. Защита диссертации в 1948 году в Киеве прошла без единого чёрного шара. Но в те годы в стране началась новая кампания борьбы с космополитами, и Б. Брук снова попадает в опалу. ВАК не утверждает его диссертацию. Дочь Брука, Нина Борисовна, откровенно призналась мне, что причина, по которой не утвердили докторскую диссертацию отца, — еврейское происхождение. Об этом рассказал им профессор И. Якушкин. Вновь началась травля Б. Брука, его вместе с двумя уборщицами в 1949 году уволили, стыдно кому-то было признаться — по сокращению штатов.
В феврале 1949 года он идёт работать преподавателем средней сельскохозяйственной школы. В тот год ему уже исполнилось 65 лет. В последующие годы, как становится понятным из архивных документов, Борис Львович пишет статьи в центральные и местные издания, работает над воспоминаниями, которые нигде не публикуются.
К первой группе документов мы относим также и неопубликованную научно-методическую работу Б. Брука «Три беседы с юннатами» (О природе сельскохозяйственных растений и об опытах с ними), предложенную им для издания Хабаровскому книжному издательству, по всей видимости, в 1969 году. В феврале 1970 года эта рукопись была ему возвращена, как указано в сопроводительном письме, из-за невозможности её публикации в связи с сокращением объёма выпуска литературы. Эта работа представлена в виде научно-популярного учебника по ботанике, в котором рассказывается о наиболее известных в нашем регионе культурах — картофеле и помидорах. По заключению учёных ИКАРП ДВО РАН, эта работа и сегодня может быть использована для занятий с молодыми юннатами или в качестве учебного пособия при изучении ботаники в младших классах.
Следует иметь в виду, что из опубликованных исследований Б. Брука более 30 научных работ в настоящее время хранятся в областном краеведческом музее и нашем архиве. Однако необходимо признать, что имеющиеся документы полностью ещё не изучены, не учтены все написанные им работы. Б. Брук в автобиографии 1934 года пишет: «Научные работы мои опубликованы с 1916 г. в размере свыше 100 печатных листов. По ним имеются многочисленные положительные отзывы в печати, в т. ч. на страницах Правды. Популярных изданий по с/х издано свыше 1000000 экземпляров». Учитывая, что Б. Бруком в последующие годы было написано значительное количество статей и брошюр, в том числе связанных с защитой докторской диссертации, можно предположить, что его творческое наследие действительно содержит большой объём ещё не исследованных материалов.