У дома губернатора толпу встретил и пытался остановить генерал Примо. Но с него сорвали эполеты, мятежники ворвались в дом и убили губернатора. К бунту присоединились 29-й, 38-й и 39-й флотские и 16-й ластовый экипажи. С криками «Бей и коли офицеров!» толпа разделилась на две части. Одна направилась снимать блокаду с Корабельной слободки. Охранявшие слободку солдаты сочувствовали народу, и дело едва не кончилось мирно, как вдруг с тыла на солдат бросились в штыки матросы, за ними мастеровые с кольями и ломами, а жители слободки, видя это, напали на солдат с фронта. Тогда солдаты восстали, убили полковника Воробьева и присоединились к мятежникам,
Вторая часть бунтовщиков пошла к Хребту Беззакония, где схватила адмирала Скаловского, сорвала с него эполеты и потребовала выдать расписку об отсутствии в городе чумы. Такие же расписки были получены от городского головы Носова, протопопа С. Гаврилова и коменданта Севастополя.
К 22 часам мятежники захватили весь город. Они разгромили дома и квартиры 42 чиновников и офицеров, убили одного из «чумных» комиссаров чиновника Степанова, инспектора военного карантина Стулли, избили плац-адъютанта военного губернатора Родионова. Вся полиция бежала из Севастополя. Войска гарнизона (860 человек при трех пушках) отказались подавлять бунт. Комиссар Батищев, капитан Матусевич, штабс-капитан Перекрестов, лейтенант Энгельгардт, прапорщики Дмитриев, Кулаков и многие другие офицеры сочувствовали восставшим. Этот факт весьма примечателен. Рядовые офицеры оказались в фактически осажденном Севастополе в таком же положении, как и матросские семьи. Они понимали суть происходившего, но одновременно были связаны присягой.
4 июня комендант Турчанинов издал по требованию народа следующий приказ: «Объявляю всем жителям города Севастополя, что внутренняя карантинная линия в городе снята, жители имеют беспрепятственное сообщение между собой, в церквах богослужение дозволяется производить, и цепь вокруг города от нынешнего учреждения перенесена далее на две версты». Свою победу над произволом администрации жители Севастополя отметили молебном и крестным ходом.
А тем временем губернские власти перебросили к Севастополю из Феодосии 12-ю дивизию генерала Тимофеева, 7 июня она вошла в город. Из Николаева наконец-то прибыл главный командир Черноморского флота Грейг. Адмирал обещал наказать карантинных чиновников, призывал горожан сознаться в участии в бунте и обещал помилование всем, кроме зачинщиков и убийц. Однако вел себя Грейг по меньшей мере странно. В городе он так и не появился, предпочитая отсиживаться на стоящем на рейде линейном корабле. Напомним, что полностью должность Грейга значилась так — главный командир Черноморского флота и портов, военный губернатор Николаева и Севастополя. Так что наведение порядка в Севастополе было его прямой обязанностью, тем более, что жители матросских слободок были его прямыми подчиненными. Действуя решительно и грамотно, Грейг вполне мог, не доводя бунт до его высшей точки, решить все вопросы миром. Но он абсолютно ничего не сделал, оставаясь, по существу, сторонним наблюдателем всех происходящих событий. Невольно напрашивается сравнение поведения адмирала Грейга в 1830 году и командующего Черноморским флотом вице-адмирала Чухнина в 1905 году. Если первый самоустранился от происходящих событий, то второй, наоборот, сделал все от него возможное для наведения порядка на флоте и в Севастополе, за что, впрочем, впоследствии и поплатился своей жизнью…
Приехал в Севастополь и генерал-губернатор Новороссии и Бессарабии граф М.С. Воронцов. При этом Грейг демонстративно не выполнил ни одного из данных им горожанам обещаний. Особой заботой адмирала стало лишь «выведение из-под удара» карантинных чиновников и интендантов. На этой почве между Воронцовым и Грейгом произошел острый конфликт. Воронцов прямо в лицо обвинил Грейга в преступной бездеятельности и попустительстве бунтовщикам и в непринятии мер для снятия социальной напряженности в городе. Отныне их отношения были навсегда разорваны. Дело в том, что генерал-губернатор (даже будучи наделенным огромными полномочиями!) не имел никакого права вмешиваться в дела флота и черноморских портов с их таможнями и карантинами. Это был единоличная вотчина Грейга. Но другого выхода не было, и, ввиду демонстративного поведения Грейга, Воронцову пришлось самому заниматься наведением порядка и наказанием виновных, от чего «либеральный» адмирал тоже самоустранился. Севастополь и севастопольцы адмирала нисколько не интересовали. Если кто его волновал, то это чиновничья братия.