Обвиняемый в контрреволюционной деятельности, Мельгунов пережил 23 обыска и 5 арестов, 6 месяцев провел в подполье, скрываясь от чекистов, полтора года просидел в тюрьме. В 1920 г. он был приговорен к расстрелу, замененному потом 10 годами тюремного заключения, но был освобожден благодаря настойчивым ходатайствам научной общественности. В октябре 1922 г. Мельгунова с женой выслали из Советской России в Германию.
В эмиграции Сергей Петрович сразу же активно включился в жизнь русского зарубежья. Он издает и редактирует журналы, пишет исторические книги, одним из первых пытаясь проанализировать события 1917 г. и периода Гражданской войны.
Одновременно он не прекращает антисоветскую деятельность, призывая русскую эмиграцию сплотиться в единый антикоммунистический фронт. Из Германии чета Мелыуновых переехала во Францию, в предместье Парижа Шампиньи-сюр-Марн. Здесь Сергей Петрович скончался от тяжелой формы рака горла 26 мая 1956 г.
По прошествии полувека многое из исторического и публицистического наследия Мельгунова по-прежнему актуально. Например, статьи, посвященные религиозным вопросам. Написанные сто лет назад, они не утратили своей значимости: проблемы свободы совести и равноправия религиозных объединений остаются в России насущными и злободневными.
Современно звучат слова Мелыунова: «За истекшее прошлое религия насильственно привязывалась к политике, религией пользовались как орудием властвования, а потому полицейская рука так охотно копошилась в тайниках души у русских граждан. К той же цели она по старой традиции все еще стремится и теперь: казенное тавро благонадежности должно лежать на каждом вероисповедовании».
Правовое государство, описанное Сергеем Петровичем Мельгуновым, пока остается идеалом для России: «Ни одна Церковь не пользуется никакими прерогативами и особой поддержкой со стороны государственной в» части. Равно охраняя религиозную свободу представителей всех без исключения вероисповедных групп, признавая и атеизм, государство совершенно отделяет себя от вероисповедных интересов и окончательно сбрасывает с себя старую оболочку теократической опеки».
Грамотность, начитанность и любовь к книге выгодно отличали старообрядца от представителя официальной Синодальной церкви. В то время, когда Синод издавал указы, запрещающие венчать юношей и девушек, не знающих молитву «Отче наш», староверы знали весь церковный богослужебный круг. Псалтырь и Часослов были в каждом старообрядческом доме, но чтение не ограничивалось только молитвенными книгами. Старовер любил поучения святых отцов (особенно Иоанна Златоуста и Ефрема Сирина), всевозможные жития, притчи и летописи. Многие старообрядцы обладали обширными библиотеками, многие собирали древние рукописные и печатные книги.
Любовь к книге и постоянная необходимость защищать в спорах свои убеждения делали из старовера начетчика-апологета и бот-слова, начитанного в церковной литературе. Впрочем, для споров с синодальными миссионерами, образованными на западный манер, начетчикам было недостаточно знания одной церковной книжности. Лучшие из них следили за новостями научной жизни, интересовались публикациями памятников древнерусской и византийской литературы, академическими сочинениями по истории.
XX век поставил перед староверами новые проблемы и жизненные задачи. В 1905 году издание указа Николая II «Об укреплении начал веротерпимости» привело к кратковременному расцвету «древлего благочестия»: создавались новые общины, строились новые храмы, открывались приходские школы. Возникла потребность в грамотных священнослужителях и преподавателях для школ, в духовном училище, которое бы их готовило.
Сто лет назад староверы прекрасно понимали важность народного образования. Энтузиастом открытия церковных школ и училищ был Александр Рыбаков (1884–1977), член общины старообрядческой Покровско-Успенской церкви на Немецком рынке в Москве, выпускник историко-филологического факультета Московского университета, отец известного историка Бориса Рыбакова.
