С рассказом «Смерть Сапеги» входит в книгу еще один временной пласт – предреволюционное время (жизнь Аники в имении у помещика). Центральное событие рассказа совершается в конкретный исторический промежуток: от момента Октябрьского переворота до декабря 1918 г. (упомянуто восстание при Куломзине против Колчака). Есть в тексте и указание на некое будущее время – «через несколько лет», связанное с темой материнства, детей. В этом рассказе маркировано отношение новых людей – красноармейцев и комиссаров – к прошлому: «…я всех этих притчей о прошлом-то и не люблю»; «Плевать мне на всех предков вплоть до седьмого колена»; «Если помирать, так помирать – приложившись к кресту не по-отцовски». При включении рассказа в «Тайное тайных» автор внес в текст правку, усиливающую звучание темы отцов и детей: «Папаша-то мой похвастаться любил. Говорил же вон твой папаша, что отец-то его – туркестанский генерал-губернатор» (здесь и далее в аналогичных примерах при необходимости полужирным шрифтом обозначается текст, отсутствовавший в первых публикациях).
С «Яицкими притчами» в «Тайное тайных» вводится еще одно время – историческое, представленное как «геройское»: упоминаются «герой Радко Дмитриев», имя которого связано с Первой мировой войной, и «наши-то степи уральские – еройские степи. Разин тут и Пугач гуляли, Маринка, жена Гришки жила, тут Цапаев с атаманом Толстовым сражался и в Яике потонул».
Новелла «Пустыня Тууб-Коя» вновь соединяет революционную эпоху и православный календарь: комиссару вспоминается Пасха – «куличная ночь».
Наконец, заключительная повесть «Бегствующий остров» построена так, что в ней противоречиво сочетаются историческое время – 1685 г., когда введены законы против раскольников; неопределенное фольклорное – сказочное время (история Галкина обозначена в тексте как сказка); в рассказе о Запусе упомянуто, что «распоряжение вождя Ильича об нэпе еще не произошло», т. е. события совершаются вроде бы до 1921 г., при этом сам Запус утверждает, что «в России скоро десятилетие советской крестьянской власти», т. е., следовательно, 1926–1927 гг. Временной алогизм усиливается указанием еще на одно событие: в конце повести сообщается, что раскольник Пономарев «помер потом под Кронштадтом» – видимо, во время восстания в Кронштадте в марте 1921 г. В целом современность охарактеризована в повести как «великое да расстрельное время».
Последовательность расположения рассказов, с нарастающим гулом времени, дает понимание замысла книги. Вс. Иванов, с одной стороны, показывает читателю «расплеснутое время» (заглавие книги Б. Пильняка, 1927) современной жизни, а с другой – постепенно, по ходу книги, восстанавливает историческое время в его сложности и многослойности, включает революцию и Гражданскую войну в ряд других переломных событий национальной истории: царствование Лжедмитрия I, восстания Разина и Пугачева, Петровская эпоха и раскол церкви.
Порядок расположения рассказов в «Тайное тайных» по-своему проясняет ключевые ее темы. Одна из важнейших – это тема утраты пути и евангельский мотив блудного сына, тесно связанные друг с другом.
В той или иной степени всех героев «Тайное тайных», можно назвать блудными детьми XX века. Герой рассказа «Жизнь Смокотинина» Тимофей, сын подрядчика, охваченный непонятной тоской, покидает отцовский дом, становится извозчиком, попадает в тюрьму, пьет, крадет коней, соглашается на убийство… «Жизнь казалась легкой, невсамделишной, все думалось: надо прийти к отцу, поклониться в ноги и сказать, а что сказать – он и сам еще не знал». Лишь после смерти возвращается он в отцовский дом: «И вот Тимофей последний раз лежал дома, под образами, в горнице». Из родительского дома в тюрьму отправляется за убийство странницы Афонька («Ночь»). Уходит из дома в горы Мартын, и там, в горах, в финале рассказа его убивают жители родного села («Плодородие»). Давно покинули родительский дом красноармеец Сапега и рассказчик и умирать собираются, «приложившись к кресту не по-отцовски» («Смерть Сапеги»). И т. д.
На углубление темы утраченного пути ориентирована правка, вносимая в тексты рассказов книги. Так, в конец 1-й главы рассказа «Плодородие» после фразы: «Облепиха путалась в коленях, громадная паутина с жирным пауком посередине села ему на лицо», – указывающей на блуждания Мартына в горах в поисках реальной дороги, добавлен почти экзистенциальный текст, отсутствовавший в «Красной нови»: «Жизнь свою, казалось ему, знал он, знал все свои нужды, знал все, что ему нужно делать… и все ж долго бежал в гору, пока по крыльцам за ошкур штанов густо не потек липкий и словно связывающий ноги пот».
