Видимо, именно поэтому первым действием нового правителя Сонгай было обращение к паше Джудару: Мухаммед Гао просил пашу принять его в марокканское подданство и оставить его правителем с выплатой дани султану. Джудар ответил, что сам принять решение по такому поводу он не может, будучи всего лишь рабом султана, но что просьбу аскии он-де султану непременно сообщит.
Тем временем марокканцы продолжали завоевание страны. Они заняли Гао и Томбукту, причем столица аскиев поразила их своим жалким обликом в сравнении с обеими столицами Марокко — Фесом и Марракешем. Джудар остался в Томбукту до прибытия к нему подкреплений во главе с пашой Махмудом бен Зергуном. И тогда, объединив свои силы, оба паши двинулись вниз по течению Нигера против аскии Мухаммеда Гао. Тот снова попробовал начать с марокканцами мирные переговоры. К паше Махмуду был послан личный секретарь аскии — «аския-альфа» — Букар Ланбаро вместе с хи-коем. Паша принял посланцев очень дружественно и пообещал, что буде аския к нему, Махмуду, приедет, то он гарантирует Мухаммеду Гао полную безопасность. Он-де, паша Махмуд бен Зергун, только и ожидает, что приезда аскии, так как сам собирается возвратиться в Марокко.
После этого послы возвратились к аскии, и аския-альфа принялся убеждать своего господина отправиться к паше. Но, заметил автор «Истории искателя», «говорят, будто паша посвятил аския-альфу во все свои тайны и сделал его другом и поверенным своим, а тот продал ему аскию Мухаммеда Гао. Махмуд пообещал ему всяческие блага, буде он найдет предлог для приезда аскии к паше…». Этот же самый Букар Ланбаро убедил и аскию Исхака II оставить поле боя при Тондиби, когда далеко еще не решен был исход сражения.
Так мусульманская духовная знать предала династию, столько сделавшую для укрепления ее экономического и политического могущества. Мусульманская верхушка Западного Судана рассчитывала и при марокканцах сохранить свое привилегированное положение. Ведь недаром именно мусульманские круги в Гао и Томбукту поначалу встретили завоевателей только что не с распростертыми объятиями. Только позднее, когда бесчинства марокканской солдатни стали задевать интересы и этой группы знати, она решилась оказать сопротивление. Но было уже слишком поздно. Марокканцы легко справились с попыткой восстания в Томбукту, и в 1593 г. цвет юристов, богословов и литераторов города был под конвоем угнан в Марракеш, откуда через полтора десятка лет в родные места вернулись совсем немногие.
Через неделю после возвращения послов аския Мухаммед Гао отправился к паше Махмуду, не обратив внимания на предостережения тех своих советников, которые почуяли что-то неладное в яростной настойчивости, с какой аския-альфа уговаривал царя явиться к победителям. Как и следовало ожидать, марокканцы изменнически захватили аскию и его спутников, сковали их всех одной цепью и отправили в Гац. Через некоторое время их всех перебили в отместку за успешное нападение сонгайских воинов на один из марокканских отрядов.
Последним независимым аскией оказался Нух, еще один сын аскии Даула. Ему удалось избежать пленения вместе с Мухаммедом Гао, и, провозглашенный царем, он возглавил сопротивление захватчикам. Он продержался до 1595 г., успешно сопротивляясь паше Махмуду, сменившему Джудара, и ведя партизанскую войну в гористых и заболоченных местностях на правобережье Нигера, к юго-западу и западу от Гао. Марокканцы несли здесь тяжелые потери от непривычного климата, от недостатка продовольствия, от болезней. Паша Махмуд бен Зергун погиб здесь, пытаясь настичь в горах Хомбори войско аскии. Но вскоре погиб в бою и Нух. С его гибелью организованное сопротивление прекратилось. Великая держава Сонгай окончила свое существование (хотя в Томбукту марокканцы и посадили марионеточного аскию Сулеймана с могучим войском из 100 человек).
