Боевое крещение подразделения SEAL, именуемые, как уже отмечалось, также «тюленями», получили во время войны во Вьетнаме. Начиная с 1963 года, они во многом дублировали своих предшественников — подводных «истребителей», занимаясь поиском мин в районах якорных стоянок кораблей 7 американского флота и разведкой районов высадки при проведении морских десантных операций. В последующем американское командование, как будто вспомнив об истинном предназначении этих сил, стало привлекать их главным образом для ведения разведывательно-диверсионных действий в джунглях и на речных акваториях Южного Вьетнама. Здесь они вели борьбу с отрядами Национального фронта освобождения Южного Вьетнама (так называемого Вьетконга), осуществляя разведку, патрулирование, диверсии, захват «языков» и т. д. Численный состав сил специальных операций США в это время увеличился в несколько раз, в том числе значительно возросло количество подразделений специального назначения ВМС. Совершенствовались при этом вооружение и техническое оснащение отрядов SEAL, возросли интенсивность и качество их боевой подготовки. Все боевые пловцы проходили обязательный курс «выживания» в экстремальных условиях, обучались различным способам скрытного проникновения к объектам противника, владению разнообразными видами оружия и технических средств, изучали вьетнамский язык. Спецназовцы совершали прыжки с парашютом с различных видов авиатехники, в том числе с обязательным приводнением. При проведении спецопераций на территории Южного Вьетнама «тюлени» действовали, как правило, небольшими группами по 4–8 человек. В районы ведения разведки и выполнения диверсионных акций они проникали преимущественно водными путями, используя для этого обычные речные катера и вельботы, а в целом ряде случаев — катера специальной постройки, оснащенные водометными двигателями и развивающие скорость хода до 40 узлов. Пунктами базирования разведчиков-диверсантов ВМС являлись южновьетнамские крупные речные порты, использовали они также и маневренные базы — большие десантные корабли.
Боевые пловцы привлекались часто и для освобождения попавших в плен американских военнослужащих. Так, в мае 1972 года американское командование проводило специальную операцию под кодовым наименованием «Лайтнинг» («Молния») по обеспечению побега американцев из вьетнамского лагеря, находящегося поблизости от Ханоя. Одна из ключевых ролей в этой операции отводилась разведчикам-диверсантам ВМС. Они должны были захватить один из островов в Тонкинском заливе, на котором базировались силы Вьетконга, патрулирующие обширную зону. Через эту зону как раз и предполагалось осуществить переброску спасенных беглецов. Высадка боевых пловцов на остров должна была производиться с уже известной нам подводной лодки специального назначения «Грейбэк» с помощью подводных транспортировщиков. Однако первая группа «тюленей» в количестве четырех человек не справилась с сильным течением, которое отнесло их далеко в сторону от назначенного пункта высадки в открытое море. Обессилев в борьбе со стихией, спецназовцы запросили помощь у обеспечивавшего их крейсера «Лонг бич», с которого были высланы вертолеты, для того чтобы забрать их на корабль. Командир «Грейбэк» коммандер Джон Чемберлен, не имея информации об этом течении и судьбе первой группы, через несколько часов послал второе подразделение «тюленей» на остров. Они попали в точно такую же ситуацию: боевых пловцов отнесло далеко в сторону, подводный транспортировщик был затоплен. Тем временем первая группа возвращалась на вертолетах на подводную лодку «Грейбэк». Предусматривалось сбросить боевых пловцов на воду, а затем они должны были самостоятельно вернуться в лодку, находящуюся в подводном положении. Между тем произошел трагический случай: летчик одного из вертолетов неправильно рассчитал высоту полета, и двое десантировавшихся на воду спецназовцев получили тяжелейшие травмы, при этом один из них, старший лейтенант Спенс Драй, скончался на месте. Вновь вертолеты с «Лонг бич» эвакуировали на корабль боевых пловцов, но теперь уже из состава двух групп. Цепь нелепых случайностей преследовала подводную лодку «Грейбэк». Один из американских эсминцев, обнаружив всплывшую на сеанс связи подводную лодку, принял ее за противника и обстрелял из артиллерийских установок. На этот раз, правда, никто не пострадал: американские комендоры стреляли отвратительно. Не желая испытывать далее судьбу, американское командование приняло решение вернуть подводную лодку «Грейбэк» и боевых пловцов в пункты дислокации. Операция «Молния» провалилась.