Поведение Пономаренко, не боявшегося идти на конфликт с могущественным НКВД ради спасения невинных людей, резко контрастировало с малодушным, а то и явно трусливым поведением других давних сталинских соратников, занимавших куда более важные посты. Примерно в то же время, когда Пономаренко с Чуяновым отстаивали в Сталинграде невинно пострадавших людей, член Политбюро Анастас Микоян был послан в Армению, имея такое же задание — проверить обоснованность обвинений во «вредительстве» и «связях с троцкистами» 300 ответственных работников этой республики. На причастности этих лиц к вредительству настаивал НКВД, у Сталина же были сомнения, он и послал туда Микояна. Тот, хотя и почувствовал надуманность многих обвинений, полностью подтвердил вину арестованных работников, подписал соответствующий документ, вычеркнув, правда, всего одну фамилию, Шевардяна, своего бывшего наставника и соратника по дореволюционному подполью. Но когда чекисты представили на него дополнительные материалы, отстаивать своего друга не стал. Влиятельнейший, казалось бы, Микоян решил не идти против течения, не портить отношения с руководством НКВД, которое тогда один за одним организовывало шумные процессы над «врагами народа». Вот вам и «коммунист с дореволюционным стажем», работавший в царское время в условиях подполья! Впрочем, в прошлом Микояна, к которому Сталин всегда испытывал внутреннее недоверие, были невыясненные моменты. Он стал единственным из 26 бакинских комиссаров, избежавшим в годы гражданской войны гибели от рук ярых врагов советской власти, за спиной которых стояли англичане. Счастливый ли это случай, или что-то другое, достоверными фактами подтвердить или опровергнуть было невозможно…
Смелость и умение брать на себя ответственность, не страшась ни возможного недовольства Центра, ни сопротивления «благоразумного» большинства, Пономаренко проявил и в первые дни Великой Отечественной войны, когда фашистская военная машина, ломая все на своем пути, быстро продвигалась в глубь советской территории.
Уже на второй день войны, 23 июня 1941 года, он позвонил Сталину и предложил немедленно приступить к эвакуации с белорусской территории промышленных предприятий, которые неизбежно были бы захвачены быстро наступавшими немцами. Эту позицию поддержало и Бюро ЦК КПБ. Для Сталина такая постановка вопроса была совершенно неожиданной, он колебался. Пономаренко сумел убедить его, хотя и знал, что если удастся хоть ненамного задержать немцев, его привлекут к самой суровой ответственности за «паникерские настроения».
Впрочем, не дожидаясь решения Центра, он уже дал указание начать демонтаж промышленного оборудования, который шел полным ходом. Пантелеймон Кондратьевич взял всю ответственность на себя, хотя и знал, что мог поплатиться за это головой. В результате, несмотря на неожиданно быстрое продвижение немцев, удалось вывезти на восток страны оборудование 83 основных заводов, работавших на территории Белоруссии. И одновременно вывести из строя многие коммуникации и подвижной состав, который так и не достался немцам. Начальник Генштаба сухопутных войск Германии генерал-полковник Ф. Гальдер признавал в своем знаменитом дневнике, что «главные трудности, которые наступавшая немецкая армия не сумеет преодолеть в ближайшее время, связаны с недостаточным количеством захваченных русских вагонов. Нам удалось захватить только очень небольшое количество подвижного состава, да и тот в большинстве случаев приведен в негодность… Недостаток ощущается прежде всего в паровозах, большинство требует ремонта».
Когда стало ясно, что командующий Западным фронтом Д.Г. Павлов утратил контроль над своими армиями, Пономаренко обратился к Сталину с просьбой прислать в Белоруссию более опытного и умелого военачальника. Тот сразу ответил ему, что уже думал над этим и срочно посылает на помощь растерявшемуся командующему маршала Б.М. Шапошникова, одного из лучших на тот период знатоков военного искусства.
Отношения с Павловым у Пономаренко складывались далеко не идеально — как умный и наблюдательный человек, член Военного Совета Белорусского военного округа, Пантелеймон Кондратьевич видел крупные упущения в предвоенных оборонительных мероприятиях на территории округа, говорил о них Павлову, но тот мало обращал на это внимания. Не прореагировал он даже тогда, когда Пономаренко передал командующему округом информацию одного из секретарей пограничного райкома о том, что немцы стали прорезать проходы в своих проволочных заграждениях, явно готовясь к наступлению Тем не менее Пономаренко не стал охаивать перед Сталиным Павлова, которого считал честным, но не подготовленным для высокого поста человеком, просил только оказать ему необходимую помощь и преодолеть растерянность, вызванную быстрым продвижением немецких армий.
