Особенно настойчиво привилегии и налоговые льготы ордена Храма отстаивал папа Иннокентий III, подтвердивший право тамплиеров строить собственные церкви, создавать отдельные кладбища, самим собирать десятину. Одновременно он строго предупредил священников не покушаться на дарованные рыцарскому братству права, собирая десятину в их имениях или накладывая интердикт на их храмы. Он неоднократно наказывал епископов, дерзнувших арестовывать тамплиеров, и добивался наказания любого, кто покусится на имущество и владения рыцарей Храма. Он снял с поста епископа Сидонского, когда тот отлучил от церкви великого магистра тамплиеров за отказ последнего поделиться доходами ордена в Тивериадской епархии. Кроме того, этот римский понтифик возвратил и подтвердил все привилегии храмовников, дарованные буллой Иннокентия II «Опте datum optimum» в 1139 году, а также категорически запретил «нападать на рыцарей-тамплиеров и стаскивать их с коней» (невольно указав нам на популярный способ выражения народного негодования).
Учитывая, что для всех рыцарских орденов именно папа являлся верховным авторитетом, довольно странным представляется тот факт, что лишь единожды Папская курия привлекла их для собственной военной поддержки: так, в 1167 году папа Климент IV использовал госпитальеров в военных действиях против германской армии на Сицилии. Вполне естественно, что рыцари — члены военных орденов были вынуждены поддерживать тех пап и монархов, на чьих территориях размещались их орденские владения. Например, правители Арагона напрасно пытались привлечь тамплиеров для борьбы с соседней Кастилией и Францией. Однако такие эпизоды были исключением из правила. Коронованные особы крайне редко прибегали к помощи тамплиеров в борьбе со своими недругами, да и сами храмовники всячески этому противились и порой соглашались выполнить требования королей только под давлением, когда тем удавалось припугнуть рыцарей самыми строгими мерами.
Два других фронта, где тамплиеры иногда вступали в вооруженные конфликты со своими единоверцами, располагались на Кипре и в армянской Киликии. Так, в 1192 году они успешно подавили мятеж местных греков, но даже после перепродажи острова Ги де Лузиньяну тамплиеры сохранили в своих руках крепость Гастрию (севернее Фамагусты), несколько имений в районе Ермасойры и Хирокиты, а также замок в Лимасоле. В схватке в Киликии с царевичем Львом II рыцари Храма отвоевали ранее принадлежавший им замок Гастон в Амманских горах на границе с Антиохией.
В двух самых крупных вооруженных конфликтах между христианами, случившихся в тот период, тамплиеры принимали лишь косвенное участие. Первое из этих столкновений произошло в ходе 4-го Крестового похода, организованного по инициативе папы Иннокентия III. Как и в 1-м Крестовом походе, в авангарде шли западноевропейские дворяне не самого высшего ранга — графы Людовик Блуа, Балдуин Фландрский и Тибо Шампанский.
Из-за гибели в Анатолии императора Барбароссы сухопутный маршрут был признан неприемлемым, поэтому передовые отряды крестоносцев стянулись к Венеции, откуда намеревались отплыть в Палестину. Венецианский дож (избранный правитель республики) Энрико Дандоло, несмотря на весьма преклонный возраст, отличался бодростью духа и трезвостью ума. За 85 тысяч серебряных марок он согласился предоставить крестоносцам флот из 50 галер, чтобы переправить за море 4500 рыцарей, 9000 оруженосцев и 20 000 пехотинцев с оружием и провиантом. Отплытие назначили через год.