Поскольку личность германского императора постоянно очернялась его многочисленными врагами, довольно непросто отделить реальные факты от выдумки. При этом следует подчеркнуть, что даже многие современники-мусульмане, например дамасский летописец аль-Джавзи, считали его «законченным безбожником». А католический летописец Салибмен также отмечал, что «в нем не было ни капли истинной веры», но «если бы он действительно стал добрым католиком и возлюбил Бога, Христову церковь и свою душу, то ему не нашлось бы равных среди самодержцев всего мира». Говорят, что Фридрих даже высмеивал обряд причастия («Как долго будут продолжаться эти фокусы с хлебом?») и непорочное зачатие Богородицы («Надо быть полным идиотом, чтобы поверить, будто Христа родила непорочная Дева Мария… никто не может родиться без предварительного соития мужчины и женщины»). Известно, что факт непорочного зачатия Христа Девой Марией признается не только христианами, но и мусульманами. Однако, несмотря на их дружеские отношения с Фридрихом, тот не выказывал уважения ни к пророку Мухаммеду, ни к Иисусу Христу, считая их — наряду с Моисеем — «самыми выдающимися мошенниками и самозванцами на земле».
И хотя приведенные высказывания можно рассматривать как заведомое преувеличение со стороны его врагов из Папской курии, такие характеристики во многом совпадают с мнением дружески настроенных к нему мусульман. Другими словами, Фридрих плохо вписывался в окружающие его исторические обстоятельства. Видимо, он был склонен к научному мировоззрению, больше характерному для нашей эпохи, но не для Средневековья. Так, в предисловии к трактату, посвященному соколиной охоте, «De arte Venandi», он написал, что «старался представить в этом труде… вещи именно в том виде, как они выглядят в действительности», а в другом месте отметил, что «не следует верить ничему на слово, надо всегда сверяться с природой и отыскивать истинные причины». В результате получилась гремучая смесь из учений и практик царя Соломона, Исаака Ньютона и — о чем не подозревали его современники — доктора Менгеле.
Качества, присущие первому из этих трех, — мудрость и справедливость — он проявил в ходе суда над немецкими евреями (1235–1236 гг.), обвинявшимися в ритуальном убийстве христианского младенца. Проведенное под его руководством тщательное расследование закончилось полной их реабилитацией, закрепленной императорским указом «In Favoren Judaeorum» («Во благо иудеев»). Он также запретил использование в судебной практике «испытания огнем», которому когда-то султан аль-Адиль подверг Франциска Ассизского, дабы проверить крепость христианской веры католического монаха. «Разве может раскаленное докрасна железо, — рассуждал Фридрих, — стать жарче или холоднее без естественной причины?»
Доктора Менгеле можно разглядеть в бесчеловечных опытах Фридриха по проверке некоторых гипотез. Например, он приказал закупорить человека в винной бочке, дабы проверить, сможет ли в таких условиях душа отделиться от тела после смерти. Двух мужчин убили, а затем изъяли внутренние органы, чтобы изучить изменения в них. Младенцев намеренно держали в полной тишине, дабы выяснить, какой именно язык является родным для всего человечества — иврит, греческий, арабский или латынь. Но, как зафиксировал Салибмен, «все труды оказались напрасны, ибо дети умерли».
Его мораль в вопросах сексуальных отношений явно не соответствовала христианскому учению, хотя и в данном случае трудно отличить правду от вымысла. Один из видных членов папской курии Николас ди Кабрио, «поднаторевший в искусстве подрыва чужих репутаций», обвинял его в том, что он превратил церковь в публичный дом, а церковный алтарь — в сортир. Он заявлял, что Фридрих делал проститутками не только молодых женщин, но и мужчин, «предаваясь чудовищному разврату, о котором преступно даже помыслить». По словам Николаса, Фридрих «предавался преступному содомскому греху открыто и даже не пытаясь его скрыть». Почему-то некоторые ученые считают — возможно, по наивности, — будто одна сильная страсть исключает другую. Однако можно вполне определенно утверждать, что в гареме германского императора были как мусульманские, так и христианские гурии, от которых у Фридриха имелась куча незаконных детей, и среди них Манфред — позднее король Сицилии, а также Иоланта — графиня Казертская.
