25 июня корпус получил задачу выдвинуться к Даугавпилсу, занять оборону и не допустить форсирования противником Западной Двины. Однако уже утром 26 июня части 56-го моторизованного корпуса генерала Э. Манштейна вышли к Даугавпилсу (фигурирует в немецких документах под немецким названием Дюнабург, а в советских под русским названием Двинск), захватили мосты через Западную Двину и к вечеру заняли город, выбив оттуда подразделения 201-й воздушно-десантной бригады. Предпринятые в этот же день частями 5-го воздушно-десантного корпуса попытки выбить противника из Даугавпилса оказались безуспешными. Наступление захлебнулось, отдельные подразделения смогли дойти лишь до северных окраин города.
Генерал-майор Лелюшенко, оценив обстановку, решил с утра 28 июня начать наступление на Даугавпилс, чтобы не дать противнику закрепиться, выбить его из города и занять оборону по северному берегу Западной Двины. С рассветом части 42-й танковой дивизии атаковали немецкие позиции. Однако сильный артиллерийский огонь и контратаки танков и пехоты заставили части дивизии отойти в исходное положение. Понесла большие потери и 46-я танковая дивизия, включённая в группу генерал-лейтенанта Акимова. Атаки, проведённые 29 июня, также не дали никаких результатов — возвратить Даугавпилс не удалось.
1 июля, после некоторой перегруппировки, немецкие войска при мощной поддержке авиации продолжали наступать. В связи с быстрым продвижение 56-го и 41-го вражеских моторизованных корпусов 4-й танковой группы и их глубоким вклинением в позиции наших войск 8-я армия вынуждена была отступать на север, а 27-я армия — на северо-восток. Направление на Остров и Псков оказалось неприкрытым.
В первых числах июля в этот район вышли только 3-я танковая и 163-я моторизованная дивизии 1-го механизированного корпуса. Остальные силы, предназначавшиеся для обороны Псковского и Островского укреплённых районов, в частности соединения 41-го стрелкового корпуса, находились ещё на марше. А между тем подвижные соединения немецко-фашистских войск, преодолевая незначительное сопротивление, к вечеру 4 июля вышли на подступы к Острову. В районе Острова развернулись ожесточённые бои, основная тяжесть которых легла на соединения 1-го механизированного корпуса.
22 июня 1941 застало соединения корпуса (за исключением 1-й танковой дивизии) в пунктах постоянной дислокации. Трудно понять, для чего понадобилось накануне войны перебрасывать 1-ю танковую дивизию — фактически лучшее в Красной Армии танковое соединение — в Карелию, на Кандалакшское направление и тем самым ослаблять 1-й мехкорпус. Дальше больше — 22 июня части корпуса совершили марш из мест постоянной дислокации (Струги Красные, Псков и Черех) в район г. Красногвардейска (ныне Гатчина), то есть почти на 130 км севернее, под самый Ленинград.
Неразбериха первых дней войны и неповоротливость советского командования привели к тому, что один из наиболее укомплектованных механизированных корпусов был уведён с направления главного удара немецкой группы армий «Север», проходившего по линии Тильзит — Двинск — Псков. Между тем, из дневника генерала Гальдера можно понять ту нервозность, с который немецкое командование ждало в первые дни войны встречи с «1-м танковым корпусом русских». В генеральный штаб Вермахта с фронта шли сообщения то о приближении псковской танковой группы, то о вступлении части 1-го танкового корпуса в бой в полосе 18-й немецкой армии, то этот корпус загадочно исчезал и воздушная разведка не могла его обнаружить. А 1-й механизированный корпус тем временем находился под Ленинградом и не мог принять участие в решающих приграничных сражениях. Вместо него на ликвидацию плацдарма противника у Даугавпилса 26 июня был брошен слабый 21-й механизированный корпус.
