Теотиуаканцы широко использовали в своих ритуальных целях пещеры. Не следует забывать, что в Месоамерике это были сакральные места, обладавшие огромной значимостью в мифологии народов региона. Пещеры служили входом в потусторонний, подземный мир. Это было место происхождения и зарождения людей, различных этнических групп, там жизнь и смерть слились в единое целое. Поэтому не удивительно, что в Теотиуакане найдены пещеры и подземные тоннели, о них известно уже давно. Так, в своей книге «Giro del mondo» 1700 года итальянский путешественник Дж. Ф. Джемелли Карери даже утверждал, что некоторые из пещер были рукотворными: «В самом деле, там, где сейчас они, раньше находился большой город, что подтверждается громадными руинами вокруг и пещерами, как искусственными, так и естественными, а также количеством холмов, которые, думается, были сооружены в честь идолов». Он ошибся самую малость — по всей видимости, в мегаполисе все пещеры рукотворны. Д. Хейден увидела в Кодексе Шолотля две зарисованные пирамиды, расположенные поверх тоннеля с человеком внутри — вероятно, человеческая фигура изображала оракула. Пещеры находили в Сан-Франсиско-Масапе, Остойауалько, Оштотикпаке и других местах, не говоря уж о тоннелях под главными пирамидами города. В одной небольшой пещере, расположенной к юго-востоку от пирамиды Солнца (Пещера 1), были найдены алтарь с вертикально поставленной плитой и нетронутый тайник с 20 артефактами из зелёного обсидиана, два из которых являлись ланцетами, а восемь — призматическими лезвиями. Длина предметов варьировалась от 6 до 15 сантиметров. Возможно, в пещере располагалась своеобразная солнечная обсерватория — в начале летнего солнцестояния луч света бил прямо по центру святилища и полностью освещал плиту. Имеется у неё и малая копия — всего в Теотиуакане известны три такие обсерватории (Пещера 1 [N3E1], Пещера 2, Пещера 3). По форме они напоминают огромную бутыль с горлышком наверху. Четвёртую схожую пещеру исследователи обнаружили на вершине горы Серро-Малиналли, неподалёку от северо-западной границы мегаполиса. Получается, что теотиуаканские солнечные пещерные обсерватории старше подобных, но более знаменитых объектов Шочикалько, Монте-Альбана, Чичен-Ицы и Шель-Ха. Возможно, их изобрели именно в Теотиуакане, по крайней мере, к такому выводу пришёл Р. Моранте, обследовавший все известные на сегодняшний день месоамериканские камеры с астрономическими функциями. Пещеры 1 (использовалась с 200—300 гг.) и 2 (расположена в 10 метрах севернее Пещеры 1 — вход в неё был замурован; пользоваться ею прекратили к 300 году) нашли нетронутыми, а внутри Пещеры 3 совершали погребения в посттеотиуаканскую эпоху: в фазах Койотлателько, Масапан и в ацтекские времена.
К востоку, в 200—270 метрах от пирамиды Солнца, имеется свободная от компаундов и храмов территория, которая доходит до впадин, образовавшихся после обрушения потолка подземных тоннелей. Возможно, именно риск обвала земляного настила останавливал теотиуаканцев от застройки данного пространства. Там Л. Мансанилья обследовала четыре тоннеля: Куэва-де-ла-Басура, Куэва-де-лас-Варильяс, Куэва-дель-Пируль и Куэва-дель-Камино. Куэва-де-лас-Варильяс имел в длину 50 метров и большую, диаметром около 18 метров, входную камеру, а также семь малых ниш и тоннель, пересекающий три небольшие камеры. Археологи нашли в пещерах предметы колониального и ацтекского периодов, а также фаз Масапан и Койотлателько. Было выяснено, что во время фазы Койотлателько и чуть ранее (около 512—1000 гг.) там пользовались растениями, среди которых нашли большое количество хеноподиевых (Марь Берляндье — Chenopodium berlandieri), что, возможно, указывает на их большую значимость в посттеотиуаканское время (несмотря на то, что эти растения не культивировались). С захоронениями был обнаружен амарант, о ритуальной значимости которого известно по свидетельствам постклассического периода — он имел отношение к обряду человеческого жертвоприношения в честь бога дождя Тлалока. А кукурузу находили как рядом с очагом, так и в связи с захоронениями. В целом присутствие человека в тоннеле прослеживается почти вплоть до 1500 года.
Кодекс Шолотля. Две пирамиды, расположенные над тоннелем с человеком внутри
Пирамида Солнца, расположение тоннеля под ней и рукотворных пещер рядом (по L. Manzanilla «Teotihuacán: Underworld Study», 1996 и адаптированной карте R. Millon из J. Nielsen, C. Helmke «Spearthrower Owl Hill…», 2008)
