Примечательно, что ранее место, где теперь находится Сьюдадела, выглядело не так — в ходе раскопок площади под тремя слоями «дорожного» покрытия обнаружили остатки нескольких административно-церемониальных сооружений прямоугольной формы, имевших отклонение от севера к востоку на 11о. До первого этапа строительства на этой территории на протяжении двух столетий выращивали земледельческие культуры — здесь в фазу Патлачике (100—0 гг. до н.э.) и ранее использовались оросительные системы с двумя идущими параллельно руслу р. Рио-Сан-Хуан каналами в 1,4 м глубиной, 5,5 м шириной и предположительно свыше 500 м длиной. Затем где-то с 50 года из
Параллельно строительству первых сооружений на территории нынешней Сьюдаделы, с 70—75 гг. теотиуаканцы начинают копать обнаруженный современными археологами в 2003 году подземный тоннель. Он претерпел несколько этапов строительства. Последняя зафиксированная дата пребывания человека в тоннеле — около 475 г, после чего на протяжении чуть более полутора тысячелетий туда никто не заходил. С. Гомес и Дж. Гаццола высказали предположение, что прокладывание подземного тоннеля было символически связано со строительством предшественника храма Пернатого змея92 и предположительной 123-метровой площадки для игры в мяч — объекта, имеющего в представлении древних месоамериканцев прямое отношение к подземному миру. Однако для подтверждения существования стадиона в Теотиуакане археологам нужно провести дополнительные раскопки. В любом случае, теотиуаканцы разрушили эту гипотетическую площадку вместе с другими строениями (правда не все одновременно, некоторые сооружения простояли дольше других, вплоть до 300—350 гг.) и заново отстроили Сьюдаделу — с 200 по 300 гг. возводится то, что по большому счёту мы видим сегодня. Отметим, что пирамиду Пернатого змея возвели к 250-му году, затем короткое время она функционировала вместе с подземным тоннелем, пока между 250 и 300 гг. его не запечатали. Остатки старых зданий, разрушенных при постройке обновлённой Сьюдаделы, найдены в качестве насыпного материала внутри пирамиды Пернатого змея. Среди них выделяются 46 конических камней размером от 16 до 31 см в длину и от 15 до 18 см в диаметре у основания — ничего похожего в Теотиуакане ещё не находили, поэтому сложно сказать, какую функцию они выполняли. Единственное, что осталось от предыдущих строений, но в перестроенном виде, это загадочное и нарушающее всю симметрию строение 1В-prime: N1E1, находящееся у южной платформы. Там на стене были найдены некие узоры, вероятно, представлявшие собой космограмму — поэтому существует предположение, что это строение считалось центром вселенной, то есть было настолько важным объектом, что теотиуаканцы решили не сносить его, а оставить и перестроить.
Расположенная географически в самом центре Теотиуакана, Сьюдадела последнего этапа строительства занимала 16 гектар (с внешними сторонами примерно 400 х 400 м) и была, вероятно, одним из самых лучших мест для проживания в городе. Предполагается, что площадь имела как религиозную, космическую, так и политическую значимость, а культ или культы, центром которых выступал храм Пернатого змея, имели тесную связь с правителями Теотиуакана. Существует даже предположение, что главная площадь комплекса в сезон дождей периодически затапливалась, а зеркальная водная поверхность олицетворяла собой материализацию ассоциаций Сьюдаделы с водным миром, но это предположение остаётся спорным. В пользу данной версии говорят результаты раскопок, проведённых С. Гомесом — он обнаружил, что каналы дренажной системы в Сьюдаделе были завалены ещё в древности.