Том родился в июле 1962 года в городе Сиракузы, штат Нью-Йорк, и с раннего детства получил от родителей прозвище «сорви-голова». Ему было всего два с половиной года, когда он сбежал из дома и найти его удалось только с помощью полиции. Когда выплакавшая все глаза мать спросила сына, где он был, Том с гордостью ответил: "Я искал приключения". Мать была мудрой женщиной и попросила сына в следующий раз обязательно взять ее с собой. Том чрезвычайно серьезно отнесся к этой просьбе. Однажды он подошел к матери, взял ее за руку и сказал: "Время настало". То есть, пора идти искать приключения. Мать быстренько собралась в дорогу сама, одела трех сестер Тома и под его руководством вся компания отправилась за приключениями. Но путь их был недолог. Мальчик привел родных к омуту неподалеку от дома и рассказал, как он проводит здесь время: сидит на берегу и кидает в воду камни.
В другой раз маленький Том надумал искать приключения в родительском автомобиле. Дергая за рычаги, он случайно включил задний ход. Машина выехала из гаража. К счастью, неподалеку оказалась мать мальчика, которая на ходу вскочила в салон и сумела не дать машине выехать на оживленную трассу.
Любовь к искусству в Томе пробудила именно мать. Она увлекалась театром и даже основала любительскую труппу, в которую привлекла и своих детей. Тому обычно доставались роли солдат или полицейских. Не менее страстно мальчик увлекался и спортом, особенно бейсболом. По словам родителей, их сын пришел в спорт, желая освободиться от своей природной агрессии, которая возникла из-за частых переездов семьи с одного места на другое (за первые 11 лет жизни Тома они переезжали 11 раз). Поэтому настоящих друзей у Тома в детстве не было: он не заводил их, зная, что вскоре все равно придется расстаться. Кроме этого, мальчик сильно переживал из-за своей дислексии (неспособность к заучиванию), которая была поводом к многочисленным насмешкам среди сверстников. Как вспоминает сам Т. Круз: "Меня направили в класс коррекции чтения. Это было сущим мучением, выделяло и отдаляло меня от других детей. Я не мог понять, как пишется та или иная буква. И это влияло на все, что я делал, — на то, как пишу, как произношу слова, как понимаю прочитанное, буквально на все! Мое правописание было ужасающим. К счастью, мне удалось научиться распознавать буквы визуально, но это требовало огромных усилий как моих, так и маминых".
В довершение ко всему, когда Тому было 13 лет, из семьи ушел отец. Мальчик никогда не находил общего языка с отцом, поскольку тот постоянно был чем-то занят. Вдобавок Круз-старший увлекался "зеленым змием" и превратился в законченного алкоголика. После развода он стал бродяжничать и со своей бывшей семьей практически не общался. Ему было наплевать, что близкие прозябают в ищете, что его детям приходится донашивать одежду своих двоюродных братьев и сестер. С тех пор Том не любит рассказывать о своем родителе, видимо, стесняясь именно этих деталей его биографии.
После того как из семьи ушел отец, Том принял решение стать священником и поступил в семинарию Святого Франциска в Луисвилле. Она отличалась тем, что треть ее воспитанников были детьми из неполных семей. Там он впервые получил хорошее образование, поскольку до этого ему пришлось часто менять школы. Однако пребывание в стенах семинарии длилось недолго всего полтора года. Вскоре семинарию закрыли, поскольку число семинаристов сократилось до 50 человек и содержать ее стало экономически нецелесообразно. Том встретил этот факт без всякого сожаления — в последние месяцы он стал тяготиться пребыванием там. Юноша понял, что аскетичная жизнь священника не для него. Он уже начал интересоваться девушками, хотя переживал, что не будет иметь у них успеха из-за маленького роста. Но это оказалось не так.
Первое романтическое увлечение Том пережил осенью 1978 года, познакомившись с 16-летней ученицей соседней школы Лори Хобс. Причем девушка сама проявила инициативу. Однажды она постучала в дверь его дома и, когда Том появился на пороге, спросила: "Ты собираешься пригласить меня на танцы в школе или нет?" Том промямлил «угу». По словам девушки, на танцах Том был настолько зажат, что ей пришлось проявить максимум усердия, чтобы расшевелить своего кавалера. Но все равно единственное, на что оказался способен Том, это обнять ее за талию. Однако девушка оказалась настойчивой.
