Наджибулла, обеспокоенный складывающейся ситуацией и угрозой возможных выступлений студенчества, интеллигенции, представителей военных кругов, а также активизацией деятельности руководящего ядра кармалистов во главе с М. Барьялаем (первый заместитель премьер-министра, член Исполнительного комитета Центрального Совета партии «Отечество», брат Б. Кармаля), предпринял ряд мер с целью предотвратить неконтролируемые процессы в развитии обстановки. 17 июня он провел внеочередные заседания Исполнительного комитета и Центрального Совета ПО, на которых были приняты решения об освобождении М. Барьялая от партийных и государственных постов и создании комиссии для проведения расследования и выявления всех организаторов указанной выше кампании, которая могла привести к взрыву в стране.
В выступлении на заседании ЦС ПО Наджибулла обвинил сторонников Б. Кармаля в распространении слухов о готовящемся военном перевороте заместителем председателя ПО С. Лаеком и министром обороны РА М. А. Ватанджаром.
Одновременно, исходя из оценки складывающейся обстановки в партии и особенно в армии (кармалисты занимали ведущие посты в ВС РА, в том числе начальник Генерального штаба афганской армии генерал армии М. А. Делавар, уполномоченный президента РА в провинции Кандагар генерал-полковник Н. Олюми, первый заместитель министра обороны РА, командующий войсками Кабульского гарнизона генерал армии М. Н. Азими, генерал-губернатор, командующий войсками Джелалабадского гарнизона генерал-полковник М. А. Луддин и др.), Наджибулла дал указание МГБ и МВД провести превентивные мероприятия, с тем чтобы воспрепятствовать их контактам, выработке единого плана действий, и установить контроль за их «подрывной деятельностью».
В результате предпринимаемых Наджибуллой мер была осуществлена перегруппировка сил в партии «Отечество». В то же время отмечалась активизация деятельности кармалистов по налаживанию контактов с группировкой «Хальк». При этом использовалось недовольство халькистов имевшими место против них репрессиями Наджибуллы после попытки государственного переворота в марте 1990 г. Поступали данные, что М. Барьялай заверил представителей «Хальк» об освобождении всех находящихся в заключении халькистов, в том числе и бывших членов Политбюро ЦК НДПА С. М. Зерая, Г. Д. Панджшери и других, а также возвращении на родину С. М. Гулябзоя в случае ухода с политической арены Наджибуллы.
В государственном руководстве РА значительно обострились отношения Наджибуллы и его ближайшего окружения с группой лиц (вице-президенты А. Х. Мохтат и М. Рафи и др.), которые считали себя не запятнанными сотрудничеством с режимом и поэтому могли претендовать на участие в будущем коалиционном правительстве.
Ослаблению позиций афганского руководства в стране и падению авторитета Наджибуллы способствовали резко возросшие внутриполитические противоречия и борьба за власть в высшем политическом и военном руководстве Афганистана. Фракционная борьба и разногласия в партии «Отечество» особенно обострились после возвращения в Кабул бывшего Генерального секретаря ЦК НДПА Б. Кармаля (самолетом авиакомпании «Ариана» 20 июня 1991 г.). Деятельность его сторонников создала непосредственную опасность раскола правящей партии. Кроме того, сложившаяся практика принятия важных решений единолично Наджибуллой зачастую приводила к ошибкам и искривлениям избранного курса, способствовала усилению противоречий в государственном и партийном руководстве.
В августе в поведении и деятельности президента Афганистана стала отмечаться нервозность, вызванная крупными неудачами в боевых действиях против вооруженных формирований оппозиции в летний период и усиливающейся активизацией мятежников в стратегически важных районах страны (зона Кабула, Джелалабад, Митерлам, Гардез, Газни, Кандагар, Калат, Файзабад).
Сложность ситуации в Афганистане усугублялась и тем, что в руководстве страны не только отсутствовало единство взглядов на пути реализации политики национального примирения, но и усиливались фракционизм и конфронтация. Наджибулле с большим трудом удавалось сдерживать нарастающую угрозу раскола в радах правящей партии «Отечество» (ПО) и осуществлять курс на нейтрализацию своих противников в различных звеньях государственно-административного аппарата и ВС РА.