Поэтому в афганском сопротивлении отсутствовал единый лидер. Каждый руководитель партии претендовал на власть, и между ними сохранялись противоречия. Основу разногласий в среде руководства «Альянса-7» составляло соперничество лидеров различных партий и группировок за главенство в мятежном движении и право представлять его на международной арене. В связи с этим межпартийные разногласия существовали постоянно, в том числе между экстремистским звеном контрреволюции, возглавляемым Г. Хекматияром (ИПА, ИОА, ИПХ, ИСОА), и группировкой промонархического толка (ДИРА, НФСА, НИФА). Для них практически неразрешимым стал вопрос о возможном участии в «переходном правительстве» Афганистана бывшего короля Захир Шаха. Это было обусловлено главным образом стремлением наиболее многочисленных и сильных в военном отношении организаций (ИПА, ИОА) к единоличному лидерству в мятежном движении.
Неспособность оппозиции решить организационные и другие вопросы в «Альянсе-7» подтверждало отсутствие реального единства рядов оппозиции. Имеющиеся в его составе органы в течение ряда лет практически бездействовали и не оказывали влияния на деятельность мятежного движения. Решения проводимых дважды в месяц заседаний высшего совета «Альянса» не имели обязательной силы. Каждая оппозиционная организация зарезервировала за собой право принятия самостоятельных решений. В связи с этим планирование вооруженной борьбы осуществлялось штаб-квартирами отдельных партий.
Фактором первостепенной важности в этом процессе оказалась возможность размещения руководства, материальной и учебной базы оппозиции в непосредственной близости от афганской границы, которая на протяжении 10 лет была практически открыта для мятежников.
Четко разграниченных сфер влияния и районов деятельности в Афганистане оппозиционные исламские организации никогда не имели. Однако наибольшая их активность прослеживалась в следующих районах:
ИПА — Кабул, провинции Кабул, Кундуз, Баглан, Кунар, Бадахшан, Нуристан.
ИОА — в провинциях Герат, Бадгис, Фарьяб, Джаузджан, Балх, Саманган, Кундуз, Тахар, Баглан, Бадахшан, долина Панджшер.
ИПХ — Пактика, Пактия, Кунар, Нангархар, округ Хост.
ИСОА — районы активности явно не выражены. Мелкие группы действуют в центральных и юго-восточных провинциях.
ДИРА — Кабул, Логар, Газни, Кандагар, Пактия, Заболь.
НФСА — Кабул, Логар, Кунар, Нангархар, Пактия.
НИФА — Заболь, Пактика, Пактия, Кандагар.
Оппозиционные организации имели четкую организационную структуру, которая аналогична для всех. Руководящим органом являлся исполнительный комитет, состоящий из председателя партии, его заместителей по идеологическим, политическим, военным и административным вопросам, а также председателей комитетов.
Штаб партии, как правило, состоял из комитетов: политического, военного, финансового, административного, по организационным вопросам и привлечению, информационного, по делам беженцев, по вопросам судопроизводства и контрразведки.
Штаб осуществлял контроль за действиями вооруженных формирований на территории Афганистана и обстановкой в зоне их ответственности, планирование проведения вооруженных акций, подготовку и переброску караванов с оружием, боеприпасами, средствами МТО на территорию республики, финансирование отрядов; обеспечивал создание баз, строительство укреплений, складов, переход через границу обученных групп; организовывал взаимодействие между формированиями различной партийной принадлежности и выполнял другие задачи.
Промежуточным звеном управления, выполняющим роль местных органов власти, являлись исламские комитеты, которые состояли обычно из председателя, одного-двух заместителей, судьи, муллы, сборщиков налогов, старосты населенного пункта и главарей отрядов мятежников, один из которых, как правило, являлся председателем комитета. Количественный состав исламских комитетов определялся масштабом их деятельности и включал от 5 до 30 чел.
Исламские комитеты нескольких кишлаков или волостей подчинялись центральному исламскому комитету, который создавался в уезде. Наиболее крупные из них объединялись в союзы, деятельность которых распространялась на значительную территорию. В ходе своей работы исламские комитеты осуществляли контроль за положением в зоне ответственности, руководили боевыми действиями отрядов, решали спорные вопросы между отдельными главарями, собирали налоги и денежные средства с населения. Они также проводили набор пополнения для мятежных отрядов и групп из числа местных жителей и лиц, прошедших военную подготовку на территории Ирана и Пакистана, организовывали и вели идеологическую обработку населения и личного состава вооруженных отрядов оппозиции.
В вооруженных формированиях четкая организационно-штатная структура отсутствовала. Общим для них являлось то, что эти формирования делились на группы, отряды (полки) и банды, руководителями которых являлись лица, прошедшие специальную и военную подготовку, хорошо знавшие местные условия и имевшие авторитет среди населения.
