В условиях нестабильности, деморализации части партийно-государственного аппарата Наджибулла проявил гибкость и твердость. Он сумел в нужный момент сманеврировать (назначение Шах Наваза Таная министром обороны, присвоение генеральских званий некоторым халькистам и т. п.) и на какое-то время стабилизировать обстановку в руководстве партии и государства. Однако это были лишь частные шаги, и проблемы фракционности в армии и НДПА в целом они не решали.
На октябрьском (1988 г.) пленуме ЦК НДПА были разработаны мероприятия, направленные на выход из кризисного положения, проведены кадровые перестановки в партгосаппарате и предприняты другие решительные меры с целью улучшения положения в стране и партии. Так, из состава Политбюро ЦК НДПА были выведены Зерай и Размджо. Этот шаг вызвал неоднозначную реакцию со стороны различных сил. Немного позднее (в беседах с совпредставителями) некоторые лица из состава высшего руководства РА были крайне сдержанны в оценках итогов XXVI пленума ЦК НДПА и недовольны, как на нем решались кадровые вопросы.
После пленума высказывалась озабоченность тем, что хотя 19 октября 1988 г., при разногласии в Политбюро, члены ЦК (в большинстве своем) и поддержали президента, но руководство военных министерств в лице Шах Наваза Таная, Сайда Мухаммеда Гулябзоя, Н. Олюми (командир 2-го АК), А. Кадыра (командующий ВВС и ПВО) и других, а также члена Политбюро, секретаря ЦК НДПА Мирсахиба Карваля стали к нему в оппозицию при голосовании по организационному вопросу (о снятии со своих постов Зерая и Зухура Размджо).
В этот период близкие к Наджибулле партийцы уже подозревали наличие в Политбюро оппозиции президенту. Зная о постоянных контактах между Карвалем, Танаем и Гулябзоем, они опасались за судьбу страны после вывода ОКСВ. Считали, что в сложившейся ситуации необходимо принимать еще более решительные меры для укрепления руководства Министерства обороны и Министерства внутренних дел РА.
