Тем временем в кабульском руководстве вновь обострились противоречия и борьба за власть. Лидеры халькистского крыла в НДПА всегда подчеркивали: именно халькисты совершили революцию, и они больше всего воюют на поле боя, а парчамисты с помощью Советского Союза узурпировали власть в стране и в партии. Обвиняли советских представителей в том, что СССР предал «своих братьев по классу» и односторонне поддерживает «Парчам». Наличие в Афганистане советских войск в какой-то мере сдерживало открытые выступления халькистов и являлось в этом плане как бы примиряющим фактором. После вывода ОКСВ из РА партийцы обеих фракций НДПА перед лицом общей опасности на какое-то время внешне сплотились. Однако скрытая борьба между крыльями продолжалась. Противоречия между ними ликвидировать так и не удалось.
Президент РА для укрепления своих позиций всячески стремился ослабить влияние халькистов. И несмотря на рекомендации советских представителей в конце 1989 г. предпринял против их лидеров репрессивные меры. На основании имеющихся у МГБ данных об установлении прямых связей с Г. Хекматияром и подрывной деятельности против официальных властей были проведены аресты офицеров и генералов — сторонников министра обороны РА генерал-полковника Шах Наваза Таная.
Такие действия крайне обострили обстановку и создали конфликтную ситуацию между Наджибуллой и Танаем, до предела накалив их отношения, которые и раньше-то не отличались особой дружелюбностью. И если в период нахождения советских войск при посредничестве генерала армии В. И. Варенникова удавалось гасить накал страстей, то на этот раз их противостояние приобрело форму вооруженного конфликта. Начавшийся 5 марта 1990 г. процесс над арестованными халькистами послужил сигналом для открытого выступления Ш. Н. Таная.
6 марта в Кабуле министр обороны РА со своими сторонниками предпринял попытку вооруженного свержения президента РА Наджибуллы, которая окончилась неудачей.
Мятеж этот был спонтанным, скорее актом отчаяния, плохо организованным и подготовленным, вследствие чего быстро подавлен верными Наджибулле войсками, так как столица заблаговременно по приказу президента была «очищена» от армейских частей и укреплена за счет Национальной гвардии. К тому же в армии на ключевых постах находились парчамисты, скрыть от которых заблаговременную подготовку заговора было невозможно.
Выступление Таная наиболее ярко продемонстрировало отсутствие единства в правящей партии, сохранение острых противоречий между различными политическими группировками внутри НДПА. Показало также, что не утихает борьба между отдельными влиятельными деятелями кабульского руководства и группами их сторонников, а компромиссы если и могут быть, то или временными, или не среди лидеров этих фракций. Подтверждались слова ближайшего помощника Наджибуллы Джафсара, которые он сказал мне при расставании во время отлета из Кабула: «Все у нас есть: и техника, и вооружение, и боеприпасы, если удастся обеспечить единство, тогда нам ничего не страшно. Главное — единство…»
Это как раз сделать так и не удалось. И хотя мятеж тогда не оказал существенного влияния на общую ситуацию в стране, его политические последствия имели в основном негативный характер: стал отмечаться рост нестабильности, увеличение числа противников Наджибуллы как в партии, так и в армии, ослабление позиций президента РА внутри Афганистана и за рубежом. Оппозиция получила весомый аргумент в пользу продолжения военного давления на Кабул, а также активизации действий в других районах страны.
Военные последствия попытки государственного переворота оказались довольно негативными. Репрессии против активных участников «мятежа Таная» обострили и без того сложные отношения в армии между халькистами и парчамистами, усилили оппозиционные настроения части офицерского состава против Наджибуллы и его окружения, способствовали росту дезертирства военнослужащих из рядов Вооруженных сил, а также переходу части войск на сторону противника.
В марте-июне отмечалось увеличение числа таких явлений, особенно в войсках, обороняющих Хост и Джелалабад и несущих охрану стратегических коммуникаций. Все это ослабляло ВС РА и вело к их поражению.
Военная и другая помощь Афганистану со стороны Советского Союза в такой ситуации смогла только несколько продлить агонию режима Наджибуллы. Однако советские руководители с непонятным упорством продолжали посылать в РА все новые и новые партии оружия и техники, хотя уже тогда было ясно, что НДПА политической перспективы не имеет.