Однако ни одна из выдвинутых жандармами версий не набрала впоследствии достаточного количества фактов. Ход расследования осложнялся также и взаимными препирательствами между жандармским управлением Севастополя и контрразведывательным отделением штаба Черноморского флота, которому было поручено расследовать причины этого взрыва.
Подоплёка препирательств, очевидно, заключалась в том, что созданное в ходе войны контрразведывательное отделение полностью оттеснило от ведения дел по шпионажу жандармское управление. В письме директору департамента полиции Редлов, резко отрицательно отзываясь о деятельности начальника севастопольской контрразведки, высказал мнение о его полной несостоятельности в расследовании причин гибели «Императрицы Марии». Эти межведомственные «разборки» свели к нулю попытки установить истину.
Новые документы, уже из архивов советской контрразведки, свидетельствуют о пристальном внимании к «Императрице Марии» и другим кораблям Черноморского флота военной разведки главного противника России в Первой мировой войне — Германии. Вполне возможно, что лица, о которых пойдёт речь, имели отношение к гибели корабля.
Позднее, в 1933 году, органами ОГПУ Украины в крупном судостроительном центре страны — Николаеве — была разоблачена резидентура немецкой разведки, действовавшая под прикрытием торговой фирмы «Контроль-К°», возглавляемой Виктором Эдуардовичем Верманом, 1883 г. р., уроженцем Херсона, проживавшим в Николаеве и работавшим начальником механосборочного цеха «Плуг и молот». Цель организации — срыв судостроительной программы набирающего мощь военного и торгового флота Советского Союза. Конкретные задачи — совершение диверсий на Николаевском заводе имени Анри Марти, а также сбор информации о строящихся там судах, большинство из которых были военными. Этот крупнейший судостроительный завод страны образовался на базе того самого Русского судостроительного акционерного общества «Руссуд», со стапелей которого сошли «Императрица Мария» и однотипный линкор «Александр III». В ходе следствия выяснилось много интересных фактов, уходящих корнями в дореволюционный Николаев.
Сам Верман являлся разведчиком с «дореволюционным» стажем. На допросе он рассказывал: «Шпионской деятельностью я стал заниматься в 1908 году (именно с этого периода начинается осуществление новой морской программы России) в Николаеве, работая на заводе “Наваль” в отделе морских машин. Вовлечён в шпионскую деятельность я был группой немецких инженеров того отдела, состоящей из инженера Моора и Гана», и далее: «Моор и Ган, а более всего первый, стали меня обрабатывать и вовлекать в разведывательную работу в пользу Германии».
Деятельность В. Вермана подробно изложена в той части архивного следственного дела, которая называется «Моя шпионская деятельность в пользу Германии при царском правительстве».
После отъезда Гана и Моора в Германию «руководство» работой Вермана перешло непосредственно к германскому консулу в Николаеве господину Винштайту. Верман дал о нём исчерпывающие данные: «…Я узнал, что Винштайт офицер германской армии в чине гауптмана (капитана), что находится он в России не случайно, а является резидентом германского генерального штаба и проводил большую разведывательную работу на юге России. Примерно с 1908 года Винштайт был назначен в Николаеве вице-консулом. Бежал он в Германию за несколько дней до объявления войны с Германией — в июле 1914 года».
