Махно пытался вновь укрепиться в самом Гуляйполе, но сумел продержаться там всего несколько дней и под давлением австрийцев был вынужден отступить. Повстанцы направились к Дибровке, однако в ближайшем лесу их окружили австрийцы и солдаты Державной варты. Щусь был готов сражаться до последнего и погибнуть с честью в бою, но Махно предложил идти на прорыв и повёл повстанцев в атаку. Именно после этого удачного боя 10 октября, когда махновцы, пусть и с потерями, но вырвались из окружения, он заслужил почтительное обращение „батько“ и непререкаемый авторитет.
Однако смелость и решительность не всегда сопутствовали военному таланту. 8 ноября 1918 года австрийцы окружили отряд Махно у села Темировка. Кровопролитный бой разгорелся в самом селе. Австрийцы дорвались до махновского штаба. Щусь был ранен, а Махно, считая ситуацию катастрофической, принял решение застрелиться. Неожиданное спасение пришло от экипажа одной тачанки, которая развернулась у двора штабной хаты и пулемётным огнём отбросила австрийцев. В суматохе Махно вместе со штабом сумел вырваться из Темировки. Всего же из 350 человек спастись смогли всего 180.
В смерти товарищей махновцы обвинили непосредственно батьку, но тот довольно быстро сумел вернуть доверие соратников, организовав несколько удачных нападений на станции и поезда на железнодорожном участке Гуляйполе — Гайчур. Добыча пополнила кассу повстанцев, а совместное дело укрепило ослабшую дисциплину.
На дальнейший ход событий решающее влияние оказала подписанное 11 ноября в Компьеньском лесу перемирие. Находившиеся на Украине австро-венгерские и немецкие войска теперь стремились лишь к одному — как можно скорее добраться домой. Судьба украинской державы Скоропадского их уже не интересовала. Махно, сообразив, что если уходящие войска не трогать, то никаких столкновений с ними и не будет, быстро овладел ситуацией в Гуляйпольском районе. 21 ноября он вступил в родное Гуляйполе и там организовал военно-революционный штаб, состоявший из него самого, В. Белаша, Г. Горева (все анархисты), И. Херсонского (большевик) и Миргородского (левый эсер). Вновь последовали перераспределение земли и конфискация помещичьего имущества.
Уход немцев спровоцировал подъём антигетманского движения. В ночь на 14 ноября в Белой Церкви бывшие деятели Центральной рады создали Директорию, которая провозгласила восстановление Украинской Народной Республики (УНР). Крестьяне на местах захватывали власть, и в скором времени по Надднепрянщине распространилась „атаманщина“. Скоропадский, не имея собственной воинской силы, пытался найти нового союзника, теперь уже в лице Добровольческой армии генерала Антона Деникина. Выбор оказался не самым лучшим: непосредственной помощи белогвардейцы оказать гетману не могли, а отдельные части гетманского войска стали покидать Украину, направляясь на соединение с Добровольческой армией. Немногочисленные офицерские части, созданные наспех в ноябре 1918 года, были разгромлены под Мотовиловкой сечевыми стрельцами, и после четырёхнедельной блокады Киева повстанцами гетман покинул Украину. В город торжественно вошли войска Директории. Правда, ненадолго.
Слабость украинской политической власти подтолкнула Советскую Россию взять реванш за весенние события. Исходя из того, что Брестский договор после революции в Германии и низложения императора утратил юридическую силу, совнарком вновь направил Красную армию на Украину. Во многих городах юго-востока Украины происходили восстания большевиков, которые, используя противоборство сторонников гетмана и Директории, стремились захватить власть. Махно, хотя и помнил о предыдущих разногласиях с большевиками, стал на их сторону, считая, что ему не по пути с „буржуями“ Гетманата или Директории.
В Екатеринославе во времена Гетманата находился 8-й Екатеринославский корпус, который возглавлял генерал Игнатий Васильченко. После начала антигетманского восстания бóльшая часть корпуса заявила о поддержке Добровольческой армии. Сторонников Директории возглавил Г. Горобец. Он попытался провозгласить в городе власть Директории, что обернулось противостоянием с поддерживавшими Белое дело солдатами и офицерами 8-го корпуса. Кровопролитие остановили всё ещё находившиеся в Екатеринославе немцы, которые пообещали открыть огонь по всем участникам конфликта.
После этого Горобец попытался привлечь на свою сторону Махно и 15 декабря даже передал в его распоряжение несколько вагонов с оружием. Неизвестно, насколько Махно был искренен с представителем украинской власти — большинство исследователей считает это хитростью, на которую батько пошёл для получения боеприпасов. К концу декабря Игнат Васильченко со своими приверженцами оставил город и ушёл в Екатеринославский поход на соединение с Добровольческой армией. Бóльшая часть немецких войск к этому времени тоже покинула Екатеринослав, а их оставшийся арьергард войскам Директории даже удалось разоружить.
