Розыск по «Коломенскому делу» продолжался еще долго, но по мере того, как проходило время, царский гнев остывал. Наказание «бунтовщиков» было жестоким, но их больше не вешали и не топили в реке без всякого суда, а по решению следствия рубили им ноги и руки, отсекали языки и оставляли жизнь, если существование в приживальщиках у «родимцов», на которое их обрекали, можно назвать жизнью. Самое тяжелое наказание последовало для стрельца Кузьмы Нагаева и сотского Луки Жидкого. Их подвергли публичному наказанию 31 июля, вскоре после увечий Нагаев умер. Нижегородского сына боярского Мартьяна Жедринского и рейтара Федора Поливкина тоже приговорили к отсечению руки.
Помимо Коломенского и Москвы, еще одна следственная комиссия работала в Никольском Угрешском монастыре; ее возглавляли боярин Петр Михайлович Салтыков и дьяк Тайного приказа Дементий Башмаков. Они разбирались со стрельцами и солдатами Первого выборного полка Агея Шепелева, выказавшими неповиновение своим командирам и самостоятельно пришедшими в Коломенское. Примерно 400 человек, у которых предварительно забрали выданные на службе казенные зипуны (государевы служилые кафтаны), сослали скованными в кандалы в Астрахань и Сибирь. Однако чем дальше разрастался сыск, тем больше следствие превращалось в обременительную для казны рутину. Надо было заботиться о жалованье и пропитании ссыльных и тех, кто их сопровождал, искать кузнецов для «кандального» дела, подготовить десять стругов и «добрых» гребцов для них и т. п. Новые дела продолжали открываться по доносам или расспросным речам и признаниям, выбитым ударами кнута, но после казни основных зачинщиков и устрашения жителей московского посада они уже не имели большого смысла.
Царь Алексей Михайлович впервые после событий «Медного бунта» покинул Коломенское и ездил в Новодевичий монастырь на праздник Смоленской иконы Божьей Матери 28 июля. Царская семья была оставлена под охраной боярина князя Ивана Андреевича Хованского, возглавлявшего сыскную комиссию в Коломенском. В Новодевичий монастырь к царю пришел покаянный крестный ход жителей московского посада во главе с допустившим беспорядки в столице боярином князем Федором Федоровичем Куракиным. Царь распорядился и дальше ведать ему дела в Москве, кроме того, Куракин вместе с боярином князем Алексеем Никитичем Трубецким продолжал участвовать в работе сыскной комиссии в Москве.
На обратном пути из Новодевичьего монастыря Алексей Михайлович ненадолго остановился и приказал устроить походный «шатер», где произошло примечательное событие — пожалование в «комнату», то есть в круг самых близких советников, боярина князя Юрия Алексеевича Долгорукого. Уже из этого видно, что царь пережил необычное время; ему понадобилось опереться прежде всего на испытанных боями русско-польской войны бояр: князя Ивана Андреевича Хованского, князя Алексея Никитича Трубецкого и князя Юрия Алексеевича Долгорукого.
Явная спешка, с которой царь стремился возвратиться в Коломенское, всего лишь на несколько часов дважды выехав в Москву, 28 июля и 7 августа, тоже может быть объяснена. Он беспокоился за оставленную в Коломенском семью: царицу Марию Ильиничну и детей. По свидетельству подьячего Григория Котошихина, царицу события бунта особенно потрясли: «Да от того ж смутного времяни, как приходили воровские люди к царю и учинилася смута и кроворозлитие, царица от великого страху, испужався, лежала в болезни болши году». Окончательно «с своим государским домом» или, как сказано в разрядных книгах, «с государынею царицею» царь Алексей Михайлович вернулся в столицу в воскресенье 10 августа{487}.
Начиная с 1 сентября — новолетия 171-го (1662/63) года продолжилась скрытая от посторонних глаз важнейшая работа, определившая ближайшие главные дела в царстве. Война, дипломатия, налоги, торговля, продолжавшееся церковное нестроение из-за нерешенного дела патриарха Никона — все это было предметом внимания, забот, распоряжений и указов царя Алексея Михайловича. Даже удивительно, что историки упустили из виду это важнейшее, переломное время, обычно скороговоркой описывая, что вскоре после «Медного бунта» состоялась отмена медных денег! Считая с середины августа 1662 года, когда завершилось следствие, понадобилось целых десять месяцев, чрезвычайно насыщенных разнообразными событиями. Именно тогда готовились отмена медных денег и другие решения, ставшие итогом болезненного переосмысления целей правительства.
Неспокойно было и на далекой окраине, где восстали мятежные башкиры. Получивший назначение в поход на башкир, но уклонившийся от этого под благовидным предлогом Патрик Гордон замечал: «Повод к сему бунту дали притеснения и вымогательства губернаторов». Как позже выяснилось, восставшие вели речь даже о воссоздании Сибирского ханства, вытеснении представителей русского царя и возвращении сбора ясака Чингизидам — потомкам последнего хана Сибири Кучума, не смирившимся с потерей своего юрта.
