Следующее соборное заседание снова происходило в Столовой палате, в понедельник 3 декабря, в присутствии царя Алексея Михайловича, но без участия Никона; оно продолжалось не так долго, как накануне, «до 5-го часа дни». Очевидно, что надо было решить, как заставить Никона признать обвинения. Царь вновь предъявил перехваченную грамоту патриарха Никона к константинопольскому патриарху Дионисию как доказательство несправедливых обвинений в «еретичестве»: «бранясь де он патриарх с митрополитом газским», написал, что «царское величество и весь освященный собор и все православное христианство от святыя восточные и апостолские церкви отложились и приступили к западному костелу». Для того чтобы отмести подозрения, собору представили некое «сыскное дело» о Лигариде, доказывавшее, что «он православен». Конечно, подтвердить православие Паисия Лигарида было легче, чем справиться с аргументами Никона.
Были рассмотрены и грамоты самого Никона, где он именовался патриархом, его отступления в богослужении, например, служба на иордани в день Богоявления «в навечери», а не днем в сам праздник. Все теперь обращалось для того, чтобы показать, что Никон не единожды «солгал», а значит, его можно судить. Напротив, окольничего и оружничего Богдана Матвеевича Хитрово окончательно оправдали. Оказалось, что патриарший дворянин был намеренно послан Никоном, «чтоб смуту учинить», а царский слуга сделал все правильно, «прибив» его.
Патриарх был приглашен на собор только в среду 5 декабря. Тогда и решилась его судьба. Судьи продолжали настаивать на своем и обсуждать те же пункты, что и в первом заседании. Только на этот раз было решено опереться на авторитет и толкования церковных правил вселенскими патриархами и установления из печатной Кормчей. Вселенские патриархи, слушая переводчиков, аргументы Никона, конечно, в полной мере воспринять не могли. Его острые реплики, адресованные судьям, только утверждали их в своей правоте; к тому же они достаточно времени находились в Москве и уже понимали, для чего были приглашены: освятить своим авторитетом заранее приготовленный приговор. Московский патриарх настаивал, что вселенского патриарха может судить только собор всей «вселенныя», и отказывался признавать суд только двух из четырех вселенских патриархов: «От сего де часа свидетельствуюся Богом, не буду де перед ними патриархи говорить дондеже констянтинополский и еросалимский патриархи будут».
Похоже, терпение окончательно оставило Никона. Загнанный в угол, он вступил в неравную схватку со всеми сразу — церковными иерархами, думцами и самим царем. Ему читали церковные правила об архиереях, добровольно оставлявших сан, а он объявлял, что это «враки». Появившиеся после поместных соборов правила введены греками «от себя», напечатаны «еретиками», а в русской Кормчей отсутствовали и не имели значения для Московской церкви. Рязанский архиепископ Иларион обвинял его, показывая грамоту, где Никон случайно написал себя «патриархом Нового Иерусалима». Никон свою руку признал: «Рука моя, разве описался…» Все в один голос обвиняли Никона, что он произносил пресловутую «клятву», или «анафему». Дальше всех пошел думный дьяк Алмаз Иванов, приписавший Никону слова в грамоте царю Алексею Михайловичу «о действе вайя» (то есть о «шествии на осляти» в Вербное воскресенье), что не подобает ему возвратиться на патриарший трон, «яко псу на своя блевотины, так ему на патриаршество». Ссылаясь на это обвинение, «архиереи говорили, что его Никона никто не изгнал, сам отшол с клятвою».
Суть позиции Никона сводилась к противоположному утверждению: «Я де не отрекался от престола, то де на его затеяли». Но для доказательства этого утверждения надо было объяснить причины ухода из Москвы, и Никон стал говорить про царский гнев, вспоминая при этом другие события: «как де на Москве учинился бунт, и ты де царское величество и сам неправду свидетельствовал, а я де, устрашась, пошол твоего государева гнева». Суть этой отсылки к недавним событиям «Медного бунта» не очень понятна, но напомнить царю о его «неправде» и «гневе» означало полностью изменить картину мира собравшихся на соборе ближних людей царя и церковных архиереев. Возмутился «непристойными речами» и новым «бесчестьем» от Никона и царь Алексей Михайлович, говоря, что «на него великого государя никто бунтом не прихаживал, а что де приходили земские люди, и то де не на него великого государя, приходили бить челом ему государю об обидах». Такое напоминание об одном из поражений царя вызвало общую отповедь светских и церковных участников собора: «как он не устрашитца Бога, непристойные слова говорит и великого государя бесчестит».
