Неожиданно в комнату входит Юровский в сопровождении семи человек, бывших германо-австрийских военнопленных и трех своих друзей-каторжников, уголовных преступников, выпущенных на свободу Керенским: Ермакова, Ваганова и Медведева — палачей местной «чрезвычайки». Юровский приближается к Государю и говорит: «Ваши хотели Вас спасти, но им это не удалось, и мы принуждены Вас убить». Не расслышав, что сказал Юровский, Государь спрашивает: «Что?» «А вот что!» — отвечает Янкель Юровский и стреляет одновременно в Государя в упор. Государь падает, убитый наповал. Выстрел Юровского служит сигналом к общей пальбе. Смерть большинства узников наступает почти мгновенно, но не всех. Лежащий на полу рядом с отцом Алексей Николаевич ощупывает рукой шинель отца и издает стон. Один из палачей ударяет его ногой в висок, после чего Юровский приставляет дуло своего револьвера к уху Наследника и дважды стреляет в него. Анастасия Николаевна только ранена и начинает кричать. Убийцы добивают ее штыками. Анна Демидова благодаря подушкам, которыми она прикрыта, остается невредимой. Она мечется из угла в угол, пока не падает мертвой под ударами убийц.
После убийства комиссары снимают с жертв драгоценности, а тела относят и укладывают на грузовик, который стоит возле ворот — между первой и второй дощатой стеной, окружающей «дом особого назначения». Затем грузовик направляется через погруженный в сон город в сторону леса; никакого восстания в городе не происходит. Для предосторожности на некотором расстоянии впереди грузовика верхом на лошади едет комиссар Ваганов. Недалеко от поляны, где должно произойти «бесследное» исчезновение останков Царской семьи и их союзников, Ваганов замечает двигающуюся навстречу по дороге из деревни Коптяков крестьянскую телегу. В телеге находится крестьянка, ее сын и его жена — все из деревни Коптяки; они направляются в Екатеринбург для продажи наловленной ими рыбы. Подъехавший к телеге Ваганов приказывает им немедленно повернуть и направиться обратно в деревню; под страхом смерти он запрещает им оборачиваться и смотреть назад. Чтобы быть уверенным, что приказание его будет исполнено в точности, Ваганов часть пути сопровождает мчащуюся во весь опор телегу, скача рядом с ней. Однако крестьяне успели заметить в предутреннем рассвете контуры далекого грузовика и по прибытии в деревню рассказывают о происшествии своим односельчанам. Заинтересованные рассказом крестьяне отправляются на разведку и натыкаются на цепь часовых, расставленных в лесу.
Между тем прибывший на поляну грузовик останавливается, тела выбрасывают и начинают раздевать, при этом чекисты находят множество драгоценностей, которые Великие княжны носили спрятанными под своими платьями или зашитыми в них. Комиссары жадно набрасываются на добычу и в лихорадочной поспешности роняют некоторые из них на землю, где они затаптываются ногами. После этого тела рубят на куски и укладывают на больших кострах, предварительно полив их бензином. Останки тел, не сгоревшие в огне, поливаются серной кислотой. В течение трех дней и ночей чекисты работают над уничтожением останков их жертв. По требованиям, подписанным комиссаром Войковым, следствием установлено, что на поляну было доставлено 175 килограммов серной кислоты и 300 литров бензина. 20 июля убийцы уничтожают следы костров, зола и пепел выбрасываются в колодезь шахты или рассеиваются вдали от поляны. Главный эксперт и руководитель по уничтожению останков, комиссар Войков, остается совершенной «работой» доволен и в восторге восклицает: «Мир никогда не узнает, что мы с ними сделали!»
Непосредственно после совершения злодеяния главный исполнитель его — Янкель Юровский — отдает Павлу Медведеву приказ: «Сохрани наружные посты, а то еще народ восстанет!» Во исполнение этого приказа в последующие дни на наружных постах вокруг дома Ипатьева продолжают стоять часовые, как будто внутри дома ничего не произошло.
Организаторы убийства — члены Советского правительства — отдавали себе отчет в том, что совершить это отвратительное и позорное преступление могут лишь потерявшие совесть, хорошо сплоченные палачи. Этими палачами оказались Янкель Юровский, ставший им не только наживы ради, но и по убеждению, Медведев, Никулин, Ермаков и Ваганов — уголовные преступники из каторжан, выпущенных на свободу товарищем Керенским, и 5 человек бывших военнопленных австро-венгерской и германской армий, личности которых не были в точности установлены. По мнению судебного следователя Соколова, их иностранные фамилии не указывали на их латышское происхождение, хотя латыши в то время представляли наибольший контингент палачей в «чрезвычайках».