Был призван на работу в Москву в 2006 году. Журналисты доказали, что важную роль в продвижении Бастрыкина в столице сыграл криминальный авторитет Геннадий Петров, один из лидеров преступного мира Санкт-Петербурга817. Петров, как показала прослушка его телефонных переговоров испанскими властями, организовал назначение Бастрыкина на пост заместителя генпрокурора. Позже Бастрыкин возглавил уже отдельный от прокуратуры Следственный комитет. Лично расследовал многие политические дела. Хотя и продолжает работать главным следователем России, существенно потерял во влиятельности. Отчасти потому, что годами находился в конфликте с другим прокурором в путинском окружении — Юрием Чайкой (Чайка угодил Путину еще в 1999 году, когда помог в преследовании своего тогдашнего начальника Юрия Скуратова, генпрокурора, попавшегося на адюльтере. Позже Чайка сам стал генпрокурором). А отчасти потому, что Бастрыкин выбивается из ряда путинских придворных своей эксцентричностью. Он периодически выступает с абсурдными инициативами, сильно выпивает, а на досуге пишет дурные стихи под псевдонимом и цензурирует статью «Википедии» о самом себе818. Стоит также заметить, что Путин почти патологически боится прокурорских (никто из генпрокуроров при Путине не шагнул выше по карьерной лестнице, да и сама генпрокуратура была лишена части важных функций).