Все комнаты были одинаковой величины — на три окна по фасаду. Их размеры соответствовали габаритам русской избы, в плане представлявшей собой квадрат со сторонами около шести метров. Слюдяные оконца в свинцовых переплетах пропускали не очень много света, поэтому в царских покоях было темновато. В каждой комнате была изразцовая печь. В помещениях рядом с сенями и царской опочивальней слуги держали наготове кушанья, приносимые из дворцовой поварни. Из спальни вниз вела винтовая лестница, по которой можно было спуститься в мыльню, то есть банное помещение, пол которого был выложен свинцовыми плитами, чтобы не пропускал воды.
Верхний, пятый этаж дворца занимал Терем — большая палата на 13 окон с открытыми площадками для прогулок. Жилые покои царицы — Золотая Царицына палата — находились на втором этаже. Источники не позволяют установить, где располагались комнаты царских детей. Можно лишь предположить, что младенцам отводились комнаты поближе к матери. Старшие царевичи жили, по-видимому, на третьем этаже, а царевны — на четвертом. По мнению английской исследовательницы Линдси Хьюз, «апартаменты царевен находились в отдельном деревянном здании».{26} Возможно, подобное отселение и практиковалось в отношении дочерей царя, когда они входили в девический возраст. Но отроковицы, как и младенцы, проживали, скорее всего, ближе к матери. Впрочем, возможно, такой порядок изменился после кончины царицы Марии Ильиничны в 1669 году и вторичной женитьбы Алексея Михайловича в 1671-м.
Апартаменты государя, Царицына палата и комнаты царских детей соединялись многочисленными открытыми и закрытыми переходами, лестницами и сенями. В покоях царицы на каменных сводах второго этажа был устроен бассейн размером 10x8 метров, окруженный резной балюстрадой.
Среди прочих зданий Кремля выделялась Грановитая палата — главный тронный и церемониальный зал для особо важных заседаний и торжественных приемов иностранных послов. Над сенями у западной стены палаты было устроено тайное помещение с большим оконным проемом, закрытым «смотрильной решеткой», обитой красной тафтой на хлопчатой бумаге, и задергивавшейся занавеской с кольцами на медной проволоке. Через это потайное окно царица, малолетние царевичи, «старшие» (сестры Алексея Михайловича) и «младшие» (его дочери) царевны смотрели на великолепные церемонии, происходившие в палате.{27}
На территории Кремля находились также двор патриарха, главные соборы Москвы — Успенский и Архангельский, несколько малых церквей и два монастыря: мужской Чудов и Вознесенский девичий. Здесь же располагался единый комплекс помещений, занимаемых центральными государственными учреждениями — приказами. В центре Кремля высился огромный белый столп Ивана Великого. Соборы, колокольни, Грановитая палата и патриарший двор окаймляли главную площадь Кремля — Ивановскую, которая была центром общественной жизни столичного града.
Украшением Кремля были прекрасные сады: верхний с большим прудом, расположенный на высоком берегу Москвы-реки, нижний — на уровне цокольного этажа Теремного дворца и маленькие «верховые» садики при всех жилых палатах. В кремлевских садах росли яблони, вишни, сливы, ореховые деревья, а вдоль дорожек и вокруг пруда — шиповник, цветы и пахучие травы. В жилых комнатах было много клеток с птицами — канарейками, соловьями, перепелами и даже попугаями. Всё это несколько скрашивало однообразную жизнь теремных затворниц.
На двенадцатом году жизни Софья лишилась матери. 26 февраля 1669 года Мария Ильинична произвела на свет тринадцатого ребенка — дочь Евдокию, которая спустя два дня умерла. А еще через три дня от послеродовой горячки скончалась и царица, не дожив месяца до своего сорокапятилетия. Похороны состоялись 4 марта в соборе Вознесенского девичьего монастыря Московского Кремля. На траурной церемонии присутствовал царь Алексей Михайлович. Об участии в похоронах детей источники не сообщают; вероятно, царевичи и царевны скорбели в своих покоях.
Трагедии в царской семье на этом не закончились. 18 июня умер четырехлетний царевич Симеон, а 17 января следующего года неожиданно скончался шестнадцатилетний царевич Алексей. Алексей Михайлович, потерявший наследника, не мог быть уверен в судьбе престола, поскольку два оставшихся сына — восьмилетний Федор и трехлетний Иван — были физически слабыми и болезненными. Это побудило его к вступлению во второй брак. Государь избрал невестой девятнадцатилетнюю Наталью, дочь незнатного дворянина Кирилла Полуектовича Нарышкина. Девушка воспитывалась в доме ближнего боярина Артамона Сергеевича Матвеева, отличавшегося обширным умом и образованностью, открытого европейским веяниям и женатого на шотландке Марии Гамильтон. Во время посещения дома Матвеева царь и приметил свою избранницу. Алексею Михайловичу в то время шел всего сорок второй год, он был еще достаточно молод, чтобы сразу влюбиться в веселую бойкую красавицу, получившую хорошее воспитание на европейский манер. 22 января 1671 года состоялось венчание.
