Смерть Махмуда-паши относят к началу 1595 г. Новый паша — Мансур — прибыл в Томбукту в марте того же года и через три месяца занялся преследованием аскии Нуха. С помощью своей армии в 3000 человек он сумел разбить Нуха и взять множество пленных. Сам Нух погиб в сражении. Его смерть можно рассматривать как конец активного сопротивления Сонгай. Брат аскии Нуха, Мустафа, принял власть в Денди, когда брат его сражался в Хомбори. Но, хотя Денди и представляло собой обломок прежней Сонгайской державы, оно имело уже очень малое значение в позднейшей истории Западного Судана.
После смерти Махмуда и аскии Нуха в Западном Судане наступил период последних лет Сонгай, полный интриг, грабительских набегов, борьбы за власть. После этого печального конца старое Сонгай прекратило свое существование.
После сражения при Тондиби государство распалось на две части. На севере правили назначаемые марокканцами марионетки, власть которых не простиралась за пределы Томбукту, Гао и Дженне. Южнее, в Денди, власть принадлежала династии, начатой аскией Нухом, корни которой восходили к аскии Дауду. Но и это было карликовое государство.
Марокканцы просчитались в своих важнейших стремлениях — в желании овладеть золотоносными землями. Даже в северных городах они не пытались создать настоящего правительства, а внутренние распри уничтожили остатки их владычества. Паша Мансур умер в ноябре 1596 г., через полтора года после победы над аскией Нухом. Он был на пути в Денди, когда заболел, и едва успел перед смертью вернуться в Томбукту. Его смерть считается тайным убийством. За этим, вероятно, стоял Джудар, который открыто соперничал с ним за власть. Марокканский султан пытался утишить борьбу за власть своих подчиненных, назначив Джудара правителем Западного Судана, а Мансура — командующим армией, но распри между ними не прекращались, пока Джудар не разрешил их по-своему, отравив соперника.
После смерти Мансура султан Марокко назначил в Томбукту нового пашу — Мухаммеда-Таба. Тот прибыл к месту службы в декабре 1597 г., а в мае следующего года пришел и его черед умереть от яда Джудара. Когда затем Джудар велел задушить последнего своего марокканского соперника в Томбукту — Мустафу ат-Турки — в июле 1598 г., султан Марокко начал понимать, кто представляет в Западном Судане действительную власть.
Желая помешать Джудару чересчур укрепиться в Судане, султан отозвал его в Марокко, но Джудар отказался повиноваться, пока не будет прислан достойный преемник. Джудар ссылался при этом на крайнюю необходимость этого, так как Томбукту якобы угрожали цари Мали и Масины. В скором времени султан прислал в Томбукту двух государственных мужей: Мустафу ал-Филя и Абд ал-Малика-«Португальца». Джудар, однако, отказался передать им власть, поскольку они были людьми штатскими и, по его мнению, непригодными для командования войсками. Не желая создавать из этого проблемы, султан Марокко послал в Томбукту пашу Аммара, которому Джудар наконец сдал власть в феврале-марте 1599 г., после чего сам двинулся в Марокко.
Прибытие Джудара в Марокко описал один английский купец — Джаспер Томсон — в письме друзьям от июля 1599 г. По его словам, с марокканским военачальником прибыло 30 верблюдов, нагруженных золотом, 50 лошадей, большое число евнухов, карликов, рабов обоего пола и 15 девственниц, дочерей царя Гао, которых Джудар отдал султану Марокко в наложницы. Томсон оценивал привезенное Джударом количество золота в 604 800 фунтов того времени, что составляет 30 млн марок в наши дни. Очевидно, Джудар привез с собой большую часть богатств Томбукту, и огромная часть их была предназначена султану.
После ухода Джудара Томбукту опять стал страдать от набегов соседних племен, но марокканцы, так или иначе, удерживали свои позиции. Однако положение оккупационной армии из года в год становилось все тяжелее, и властителю Марокко становится ясным, что Западный Судан совсем не такая золотоносная жила, как это представлялось поначалу. После смерти ал-Мансура на престол Марокко взошел его сын Зейдан, который приказал марокканцам покинуть Западный Судан.
Приказ, однако, пришел слишком поздно: военные части в Томбукту за прошедшие годы завоевали себе столь независимые позиции, что больше не подчинялись приказам властителя. Уже с 1612 г. они самостоятельно избирали пашу Томбукту и высших чиновников и управляли оккупированной территорией по собственному разумению. Правители все время менялись, и связи с Марокко сохранялись только в виде формального признания султана. Паша, ставший у власти в Томбукту в 1660 г. — 27-й преемник Джудара, — перестал наконец признавать султана Марокко даже номинальным властителем страны.
