Когда же Никон стал патриархом, оказалось иное. Никон внимательно изучал сам все, что относилось к делу, и скоро пришел к выводу, что греческая церковь хранит православие в совершенной чистоте и что московские патриархи обязаны во всем согласоваться с греческими и не допускать у себя никакой новизны, никаких разногласий с православными восточными церквами. Убедившись в этом, Никон начал церковное исправление в этом духе, причем действовал со свойственным ему самовластием и крутостью. Он личною властью своею стал предписывать «новшества»: уменьшил число земных поклонов за молитвою «Господи и Владыко живота моего»; требовал, чтобы иконы писались по греческим образцам; требовал, чтобы крестились тремя перстами, как было у греков. В то же время книжное исправление пошло очень спешно и совершалось под руководством греков и киевских ученых монахов. Самовластие патриарха, его торопливость и явное предпочтение, какое он оказывал чужим «справщикам», вызвали большое неудовольствие у патриотов Вонифатьевского кружка. Сам Вонифатьев в этом деле остался в стороне; но протопопы Аввакум и Иван Неронов при первых же распоряжениях Никона стали протестовать. «Мы же задумалися, сошедшеся между собою (говорил Аввакум); видим, яко зима хощет быти: сердце озябло и ноги задрожали». Посоветовавшись, они подали царю жалобу на Никона, и притом не только на его отдельные распоряжения, но вообще на его направление, по их мнению, неправославное и ненародное. Никон очень разгневался на своих старых приятелей и нашел случай удалить их из Москвы (сослав Аввакума в Тобольск, а Неронова в Вологодский край). Но их протест не остался без влияния на дальнейший ход исправлений.
Патриарх понял, что лучше действовать соборным приговором, чем личною властью. В 1654 г. он созвал в Москве собор московского духовенства и представил ему на утверждение все предположенные им исправления. Собор их одобрил и утвердил. Лишь один архиерей (епископ Павел Коломенский) решился не вполне согласиться с соборным приговором. Никон лишил его сана и заточил. Но его противоречие показало Никону, что авторитета местного русского собора недостаточно для того, чтобы добиться беспрекословного повиновения его мерам. Поэтому Никон тотчас же после собора в 1654 г. обращается к восточным патриархам с просьбою рассмотреть на соборе дело исправления московских богослужебных книг и обрядов и дать ему свое одобрение. В следующем году (1655) Цареградский патриарх прислал в Москву свой ответ, от имени всей Греческой церкви одобряя и утверждая все намеченные Никоном исправления. Таким образом, реформа, начатая Никоном единолично, постепенно получила характер междуцерковный, стала совершаться с благословения и одобрения как бы всей православной Греко-русской церкви. Этим самым делу исправления книг и обрядов была придана чрезвычайная, по существу дела излишняя, торжественность и важность. Русское домашнее дело решалось с участием чужих людей и чужой власти, и Московская церковь становилась как бы в подчинение Греческой. Именно это и не нравилось многим московским патриотам.
