Когда стала очевидна опасность народного движения, императрица Екатерина отправила для борьбы с ним генерала А.И. Бибикова; но она не могла послать с Бибиковым большие военные силы, так как армия была занята военными действиями в Турции и Польше. Бибиков нашел признаки тревоги и беспорядка уже в Москве; когда же он прибыл в Казань, главный город в районе мятежа, то был изумлен беспорядком и паникой, какие там царили: все готовы были бежать от Пугачева. Бибиков собрал и ободрил местное дворянство, побудил дворян вооружиться и дать средства на борьбу. С собранными им войсками и дворянской милицией ему удалось одолеть Пугачева, освободить города, захваченные им, и прогнать шайки Пугачева от Оренбурга. Мятеж стал потухать, и сам Пугачев бежал в Уральские горы. Но Бибиков умер, говорят, от страшного напряжения сил, и налаженное им дело усмирения мятежа остановилось.
На весну 1774 г. восстание разгорелось снова. Пугачев опять явился с казаками на Волге и на этот раз усвоил новый обычай. Поражаемый не раз войсками майора Михельсона, он стал избегать встречи с ними и быстро переходил с места на место, захватывая города и везде поднимая крестьян на помещиков. Так, он внезапно явился под самой Казанью, крепости не взял, но город пожег и убежал от Михельсона на правый, западный берег Волги и на р. Суру. Здесь он поднял крестьянское восстание, взял Пензу, взял Саратов, пошел к г. Царицыну, но оттуда убежал от Михельсона за Волгу на Яик. В это время явился на место действия генерал Суворов, призванный императрицею с театра Турецкой войны, и погнался за Пугачевым. Пугачев был выдан Суворову его же сообщниками, которые уже отчаялись в исходе своего движения. Он был привезен в Москву и казнен (1775).
Восстание, поднятое казаками, постепенно затихло, и в нем вольное казачество спело свою последнюю песню. С тех пор, под действием государственных порядков, оно потеряло окончательно свой давний оппозиционный склад и превратилось в пограничную милицию, послушную правительственному руководству. В роли такой милиции оно продолжало существовать не только на р. Яике (с тех пор переименованном в р. Урал), но и на реках Тереке и Кубани. Усмирено было и крестьянство. По отношению к восстававшей крестьянской массе начальством принимались суровые меры; наказывались нещадно все, кто так или иначе был прикосновенен к бунту. Крепостное право не было смягчено. Сама императрица, хотя и желала соблюдения возможной гуманности и мягкости, однако выше всего ставила укрепление законной власти и порядка в государстве и потому стояла за применение решительных мер против бунтовщиков. Мало того: подавляя бунт, она под влиянием его деятельно работала над сочинением нового проекта управления губерниями — в тех видах, чтобы дать провинциям твердое устройство и сильную власть.
В 1775 г. императрицею Екатериной были изданы «учреждения для управления губерний». В начале ее царствования губерний было около 20; делились они на провинции, а провинции на уезды. Деление это создавалось постепенно и случайно. Под уездом разумелся округ, издавна сложившийся; он состоял обыкновенно или из земель одного какого-либо древнего удельного княжества, или же из волостей, географически тянувших к какому-либо городу — центру. Уезды очень разнились друг от друга по количеству земли и жителей, так же, как провинции разнились по числу уездов, а губернии — по числу провинций. Императрица Екатерина задумала прежде всего заменить это ветхое разделение государства более совершенным. По закону 1775 г. под губернией разумелся округ с населением в 300–400 тыс. жителей, а под уездом — округ в 20–30 тыс. жителей. Было решено постепенно образовать новые губернии именно с таким расчетом по числу населения, и к концу царствования Екатерины новых губерний было уже до 50-ти. Равным образом возросло и число уездов в новых губерниях. Для вновь образуемых уездов не хватало городов, а потому многие села и слободы были превращены в уездные города. Таким образом, при Екатерине было создано новое административное деление государства (искусственное, на статистическом основании, взамен старого, исторически сложившегося).
