Борис Годунов, привлекая на свою сторону духовенство, провел (через патриарха Иова) немало церковных новшеств, но ему до самой смерти так и не удалось «крамолу избыть». Частые пожары Москвы, набеги ордынцев, лютые «Голодные годы» - всё приписывалось недоброму умыслу Годунова. Для народа он так и остался Злодеем.
Вот что говорили современники о главных недостатках Бориса:
«Цвел он, как финик, листвием добродетели и, если бы терн завистной злобы не помрачал цвета его добродетели, то мог бы древним царям уподобится. От клеветников изветы (доносы) на невинных людей в ярости суетно принимал, и поэтому навел на себя негодование чиноначальников всей Русской Земли: отсюда много ненасытных зол на него восстали и добро цветущую царства его красоту внезапно низложили».
Подозрительность эта на первых порах уже проявилась в клятвенной записи, но впоследствии дело дошло до опал и доносов. Князьям Мстиславскому и Василию Шуйскому, кои по знатности рода могли иметь притязания на престол, Борис не позволял жениться. С 1600 года подозрительность Годунова заметно возрастает. И первой её жертвой стал Богдан Бельский, коему царь поручил строить Борисов город. По доносу о щедрости Бельского к ратным людям и неосторожных словах: «Борис царь на Москве, а я в граде Борисове», Бельский был вызван в Москву, подвергся различным оскорблениям и сослан в один из отдаленных городов.
Холоп князя Шестунова сделал донос на своего господина. Донос оказался не заслуживающим внимания, тем не менее холопу сказали царское жалованное слово на площади и объявили, что царь за его службу и раденье жалует ему поместье и велит служить в детях боярских.
Страшное действие имело это поощрение доносов: клеветники появились в великом множестве. В 1601 году по ложному доносу пострадали Романовы и их родственники. Старший из братьев Романовых, Федор Никитич, был сослан в Сийский монастырь и пострижен под именем Филарета. Жену его постригли под именем Марфы и сослали в Толвуйский Заонежский погост, а малолетнего сына их Михаила (будущего царя) сослали на Белоозеро.
С 1601 года (три года подряд) были неурожайными, и начался страшный голод, так что ели даже человеческое мясо. Чтобы помочь голодающим, Борис начал постройки в Москве и раздавал деньги. Эта мера вызвала еще большее озлобление, так как народ большими массами устремился в Москву и умирал во множестве от голода и моровой язвы на улицах и на дорогах.
