Родиной святителя Иннокентия была Иркутская губерния, село Ангинское. Вот что значится в метрической книге церкви села Ангинского: “26 августа 1797 года у пономаря церкви св. Илии пророка, Евсевия Попова, родился сын Иоанн”. На пятом году от роду Иван Попов стал учиться грамоте у своего отца, который был в это время уже болен и через два года умер, оставив жену и четверых детей в крайней бедности. К счастью, дядя сирот, дьякон той же церкви, Дмитрий Попов, чтобы хотя немного помочь осиротевшей семье, взял маленького Ивана к себе и продолжал учить его. Мальчик понимал ученье так быстро, что уже на восьмом году читал в церкви апостол и своим толковым чтением доставлял утешение прихожанам. Мать, видя успехи сына, хотела для поддержки семьи определить его пономарем на отцовское место, но это не состоялось. Девяти лет Иван Попов был привезен в Иркутск и определен в тамошнюю духовную семинарию.
В семинарии Иван оставлял далеко за собой в науках всех своих товарищей. Высокий ростом, стройный, здоровый, он резко выделялся из их Среды. В то время, когда Иван Попов поступил в семинарию, дядя его, у которого он жил ранее, овдовел и, приняв монашество с именем Давида, был перемещен в Иркутск и поселился в архиерейском доме уже в сане иеромонаха. И здесь он по-прежнему не оставлял своего племянника, который часто ходил к нему. Отец Давид любил заниматься механикой; племянник, приходя к нему, часто заставал его за этим занятием, присматривался, помогал и наконец сам пристрастился к механике.
В семинарии в свободное от учения время Иван всегда находил для себя дело: уйдет куда-нибудь подальше от товарищей и займется чтением или же мастерит какое-нибудь изделие. Так в одной из комнат семинарии он устроил водяные часы. Станок и колеса сделаны были простым ножом и шилом, циферблат из писчей бумаги, стрелки из лучинок. Вода, налитая в берестяной бурак, капала на подвешенную ко дну бурака жестяную дощечку, что походило на стук маятника; через каждый час ударял колокольчик.
В 1814 году новый начальник семинарии, ректор, по некоторым причинам, вздумал переменить фамилии ученикам. При раздаче новых фамилий руководствовались тогда каким-либо заметным признаком ученика; так, если он был красив собой, ему давали фамилию Благовидова; обладающий тихим нравом получал прозвище Тихомирова, Миротворцева и т. д. Иван же Попов получил прозвание Вениаминова в честь умершего в том же году уважаемого всеми епископа Иркутского Вениамина. В 1817 году Иван Вениаминов вступил в брак и был посвящен в дьякона к Благовещенской Иркутской церкви.
По окончании курса семинарии Иван Вениаминов был определен учителем в приходское училище и через год был посвящен в священника той же Благовещенской церкви. В продолжение своего кратковременного священнического служения (всего два года с небольшим) он успел заслужить любовь и уважение своих прихожан.
В 1823 году Св. Синод указал Иркутскому архиерею послать священника на остров Уналашку для просвещения светом Христовой веры тамошних инородцев. Уналашка и соседние с ней острова лежат весьма далеко за Сибирью, между Камчаткой и Америкой. Преосвященный объявил Иркутскому духовенству: не пожелает ли кто-либо принять предложение Святейшего Синода. Желающих не нашлось: никто не хотел отправляться в такую далекую страну. Епископ был в затруднении: исполнить предписание Синода надо, а между тем охотников не находилось, насильно же послать нельзя. В это время к преосвященному явился Благовещенский священник отец Иоанн Вениаминов и изъявил желание отправиться на Уналашку. Владыка был немало удивлен этим, ему жаль было отпустить от себя примерного священника.
Нужно заметить, что когда было послано Иркутскому духовенству предложение преосвященного, отец Вениаминов и не думал принять его так же, как и другие. Об Уналашке он слышал от одного выходца из тех мест, некоего Ивана Крюкова, который был в то время в Иркутске и познакомился с отцом Иоанном. Этот Крюков много рассказывал ему о тамошнем житье-бытье и даже убеждал его принять предложение преосвященного. Но убеждения не действовали. Насчет того, каким образом явилось у отца Иоанна отправиться в такую далекую страну, он сам писал много лет спустя. “Когда этот выходец, Иван Крюков, уже простившийся со мною совсем и на прощание все еще убеждавший меня ехать на Уналашку — в тот же самый день, при прощании своем с преосвященным (у которого и мне случилось быть в то время) стал рассказывать об усердии алеутов к молитве и слушанию слова Божия — то (да будет благословенно имя Господне) я вдруг и, можно сказать, весь загорелся желанием ехать к таким людям. Живо помню и теперь, как я мучился нетерпением, ожидая минуты объявить мое желание преосвященному, и он точно удивился этому, но сказал только: посмотрим”.
