Вскоре после этого Вишневецкий возглавил целый рад казацких походов на Крым и даже осмелился напасть на оттоманских турок. Когда же Речь Посполита отказалась поддержать этот антимусульманский «крестовый поход», Вишневецкий подался в Московию, откуда продолжал свои набеги на Крым. Впрочем, и там что-то ему не понравилось, и, вернувшись в Украину, он занялся Молдавией. Это была роковая ошибка Вишневецкого: молодаване его предали, он оказался в руках турок и был казнен в Константинополе в 1563 г. Доныне сохранились народные песни, прославляющие подвиги Байды.
Запорожцы заявляли, что не подчиняются никому и ничему, кроме своих собственных законов, которые передавались и совершенствовались от поколения к поколению. Все имели равные права, все участвовали в общих советах — «радах». Эти рады собирались по любому поводу и протекали весьма бурно: обычно из всех дебатирующих сторон побеждала та, что громче крикнет. Точно так же проходили выборы и перевыборы казацких вожаков — атамана, или гетмана, есаулов, писаря, обозного и судьи. По этому же образцу каждый курень (это слово обозначало не только само жилище, но и занимавший его казацкий отряд) выбирал и себе «старшину». Во время военных походов старшина обладала абсолютной властью, правом казнить и миловать. Но в мирное время ее компетенции были весьма ограниченными.
Всего запорожцев насчитывалось 5—6 тыс. Сменяя друг друга, они держали на Сечи постоянный гарнизон, составлявший примерно десятую часть общей их численности. Остальные отправлялись в военные походы или на мирные промыслы. Сечевое хозяйство в основном основывалось на охоте, рыболовстве, бортничестве, солеварении в устье Днепра. Поскольку Сечь лежала на торговом пути из Речи Посполитой на берега Черного моря, торговля также играла немалую роль в жизни запорожцев. Постепенно вопреки декларируемому равенству и братству на Сечи возникают социально-экономические отличия и противоречия между старшиной и рядовыми казаками (чернью), время от времени разряжающиеся бунтами и переворотами.
И вот в 1572 г. король Сигизмунд Август санкционировал создание отряда из 300 оплачиваемых казаков с польским шляхтичем Бадовским во главе. Этот отряд был выведен из подчинения местных правительственных чиновников. Впрочем, его вскоре расформировали, но прецедент был создан: впервые польское правительство официально признало существование казаков, по крайней мере 300 из них, как отдельного сословия, имеющего те же права самоуправления, что и все иные сословия.
Другая, более удачная попытка сформировать санкционированное правительством казацкое войско была предпринята в 1578 г., при короле Стефане Батории. Король установил плату шести сотням казаков и разрешил им разместить в г. Трахтемирове свой госпиталь и арсенал. За это казаки согласились подчиняться назначенным королем офицерам-дворянам и воздерживаться от самовольных нападений на татар, весьма затруднявших ведение внешней политики Речи Посполитой. По заведенным правилам все 600 казаков были занесены в специальный список — реестр. И теперь уже эти зарегистрированные, «реестровые», казаки использовались не только для охраны границ от татар, но и для контроля за «нереестровыми».
