В том же году запорожский гетман и православное духовенство приглашают в Киев иерусалимского патриарха Феофана, дабы он собственноручно посвятил в сан нового митрополита и епископов. Поляки объявили Феофана шпионом и грозились схватить его, но Сагайдачный твердо обещал своему высокому гостю полную безопасность. После торжественной церемонии в Киеве 3-тысячный казацкий эскорт с самим гетманом во главе проводил патриарха до турецкой границы.
Сагайдачный умер в 1622 г. На похороны его вышел буквально весь Киев. Ректор Киевской братской школы Касиян Сакович в прочувствованных «виршах на жалосный погреб» гетмана прославил Сагайдачного как мудрого правителя и беззаветного защитника православия, связав его деятельность с традициями киевских князей. Так казачество со всей очевидностью вошло в плоть и кровь украинского общества.
Поначалу казалось, что нового противостояния можно избежать. Ведь ближайшие наследники покойного гетмана, Олифер Голуб и Михайло Дорошенко, разделяли взгляды и ценили миротворческие усилия Сагайдачного. Но им приходилось считаться и с недовольством казачества, особенно нереестрового, своим официальным статусом, вернее сказать — его отсутствием.
В 1621 г. из битвы под Хотином вышла закаленная 40-тысячная казацкая армия, спасшая Речь Посполиту от позора оттоманской оккупации. Но, сделав свое дело, огромное казацкое войско оказалось ненужным, да и опасным для поляков. По реестру, который правительство вовсе не собиралось расширять, казаков должно было быть всего 3 тыс.— остальным предписывалось вернуться в крепостное состояние. Но ни у тех казаков, что после Хотина ушли на Сечь, ни даже у тех, кто все же вернулся в свои города и села, не было ни малейшего желания вновь стать рабами. Вся эта взрывоопасная масса бурлила и лишь ждала повода для нового бунта.
Дорошенко попытался найти выход этой никем не востребованной энергии. Вскоре изумленный турецкий султан был извещен запорожцами, что, оказывается, он заключил мир только с польским королем, но отнюдь не с казаками. В середине 1620-х годов на турецкие берега вновь обрушились морские силы запорожцев под предводительством Дорошенко. Как нельзя кстати подвернулась и династическая распря в Крыму, в которую впервые были втянуты казаки: они оказали поддержку одному из претендентов на ханский трон, обещавшему добиваться независимости Крыма от Оттоманской империи.
Поляков начинало сильно раздражать упрямое желание казаков быть «государством в государстве». Король жаловался в сейме, что «внутренняя анархия на окраинах» порождает новые внешние осложнения, втягивая Речь Посполиту в очередной конфликт с могущественными соседями; что казаки вместо того, чтобы «исполнять королевскую службу», устанавливают свои порядки, «угрожая жизни и имуществу невинных людей». «Более того,— восклицал король,— им покоряется вся Украина!» Приняв решение о необходимости придерживаться твердой линии по отношению к казачеству, польское правительство отправило в Украину специального эмиссара Станислава Конецпольского. Суровый, закаленный в боях полководец, Конецпольский имел к тому же обширные владения в украинских землях.
В 1625 г. Конецпольский двинулся в Украину во главе 8-тысячного войска. Навстречу ему из Запорожской Сечи вышло 6-тысячное казацкое войско под предводительством Марка Жмайла. Потерпев неудачу за неудачей в боях с поляками, запорожцы снова выбрали гетманом умеренного Дорошенко и вступили с противником в переговоры. Наконец был достигнут компромисс: реестр увеличивался до 6 тыс. Но, разумеется, это опять-таки устраивало лишь тех самых «заслуженных» (и богатых) казаков, которые попали в него. Большинству же рядовых и сирых снова предлагалось впрячься в ярмо...
Как только новый реестр был составлен, Дорошенко взялся за усовершенствование организации 6 тыс. «законных» казаков. Все казачество было разбито на шесть полков, постоянно приписанных к шести городам — Киеву, Каневу, Корсуню, Белой Церкви, Переяславу и Черкассам. Каждый полк состоял из сотен, каждой из которых тоже находилось постоянное место в одном из небольших городов в районе расквартирования полка. На всей этой территории гражданская и военная власть принадлежала исключительно казацкой старшине, которая в свою очередь подчинялась гетману и его канцелярии, избираемым казаками, но утверждаемым королем. Так реестровые казаки получили самоуправление, хоть и под пристальным польским присмотром. Зато Запорожская Сечь — этот бастион воинственных, «незаконных», никем не признанных казаков,— будучи формально подчинена гетману, фактически продолжала пользоваться самой широкой автономией.