Полуботок тут же предпринимает энергичные меры, чтобы избавиться от Малороссийской коллегии, вновь обращаясь к царю с просьбой об избрании гетмана. Раздраженный его настойчивостью, Петр отвечал, что все гетманы были предатели и что никаких выборов не будет, пока не отыщется такой кандидат, которому можно верить. Но Полуботок был не из пугливых и продолжал добиваться своего. Пока Петр вел войну в Иране, наказной гетман сумел заручиться указом имперского Сената, запрещавшим Малороссийской коллегии предпринимать что-либо без ведома гетмана и без согласования с украинской администрацией. А поскольку коллегию учреждали якобы для рассмотрения жалоб украинцев на администрацию, особенно на коррумпированную систему судопроизводства, Полуботок заявляет, что сам со всем этим разберется,— и действительно начинает разбираться. Он реорганизует суды по принципу коллегиальности, борется с «хабарниками», назначает инспекторов для наблюдения за исполнением его указов на местах. Чтобы уменьшить количество крестьянских жалоб, наказной гетман всячески убеждает старшину хотя бы не так откровенно издеваться над людьми.
Нововведения ретивого гетмана, решившего обойтись без помощи сверху, весьма разозлили царя. Летом 1723 г. наказной гетман и его единомышленники затребованы в столицу и вынуждены давать объяснения о том, почему они «мешают» работе коллегии. В то же время президент коллегии Вельяминов, почуяв, что пришло время покончить с Полуботком, уговорил нескольких украинцев написать на него доносы и просить введения в Украине общеимперских порядков. В ответ на эти доносы наказной гетман посылает в Украину своего эмиссара, чтобы организовать кампанию петиций, которая засвидетельствовала бы поддержку украинского самоуправления подавляющей частью населения. И тогда окончательно взбешенный царь бросает за решетку и самого Полуботка, и всех, кто подписал петицию. Лишь смерть Петра I в начале 1725 г. спасла всех этих людей от Сибири.
В 1725 г. большая часть украинской старшины вернулась домой, но уже без своего наказного гетмана. Павло Полуботок скончался за несколько месяцев до Петра I — в каземате Петропавловской крепости.
В октябре 1727 г. гетманом выбирают 70-летнего миргородского полковника Данила Апостола. Всеобщее торжество по поводу этого события несколько затушевывало тот факт, что имперское правительство не только отказалось на сей раз подтвердить все статьи Переяславского соглашения 1654 г., но и навязывало гетману новые ограничения. Отныне российский наместник должен был наблюдать за всеми внешнеполитическими связями гетмана, российский фельдмаршал — за его военными распоряжениями, а царь получал право даровать земли в Гетманщине. Единственным утешением было то, что Гетманщину вывели из подчинения Сената и передали в ведение министерства иностранных дел.
Новый гетман быстро осознал тщетность любых попыток реставрации прежних политических прерогатив и все свое внимание сосредоточил на социально-экономических вопросах. Он продолжил судебные реформы и учредил казначейство, составившее первый за всю историю Гетманщины расчет годового бюджета. Поскольку фонд общественных и ранговых земель серьезно истощился, в 1729—1731 гг. была проведена тщательная ревизия и многие земли были возвращены в общественное пользование. Особенно успешно Апостол отстаивал украинские торговые интересы. Он добился отмены многочисленных пошлин, которые были установлены имперскими чиновниками для украинских купцов и ставили последних в неравноправные условия с их российскими конкурентами.
