Однако в 1991 году во время мятежа против президента Звиада Гамсахурдии, который преследовал отца Георгия, вернулся в Грузию и присоединился к повстанцам. После свержения Гамсахурдии Гонгадзе оказался на Украине и серьезно занялся журналистикой и кинодокументалистикой. Его поездка на войну Грузии и Абхазии в 1993 году закончилась тяжелым ранением: собственно, шрамы и осколки были в числе главных примет, позволивших заявить, что обезглавленное «таращанское тело» — Георгий Гонгадзе.
Во Львове Георгий женился на студентке юридического факультета ЛНУ Мирославе Петришин — после его исчезновения она получит политическое убежище в США и станет сотрудницей радиостанции «Голос Америки».
Молодожены переехали в Киев, у них родились дочки-близнецы, Георгий начал делать журналистскую карьеру. Он работал на радио, телеканалах, в пресс-службе главы популярной в то время Прогрессивно-Социалистической партии Натальи Витренко. Однако подолгу нигде не задерживался. То ли из-за оппозиционности власти, то ли просто вследствие независимого характера.
В 2000-м вместе с заслуженным журналистом Украины Оленой Притулой он основал интернет-издание «Украинская правда», где начал публиковать разнообразные расследования про коррупцию во власти. Считается, что именно эти статьи имел в виду Леонид Кучма, когда называл Георгия Гонгадзе «подонком высшей меры». Однако поскольку подтвердить или опровергнуть подлинность «пленок Мельниченко», оказалось невозможно, то попытки привлечь Леонида Кучму и главу его администрации Владимира Литвина к уголовной ответственности успехом не увенчались. Дело, возбужденное против Леонида Кучмы в 2001-м, стоило судье Апелляционного суда Киева Юрию Василенко карьеры. В марте 2011 года дело против Леонида Кучмы возбудил считавшийся в тот момент всесильным заместитель генпрокурора Ренат Кузмин. Но зять второго президента Украины, миллиардер Виктор Пинчук, нанял американских юристов, которые быстро разъяснили украинскому суду, что «пленки Мельниченко» получены незаконным способом и не могут считаться доказательством. Не прислушался суд и к осужденному за организацию и, собственно, убийство журналиста отставного генерала МВД Алексея Пукача, который назвал заказчиками преступления Леонида Кучму, главу его администрации Владимира Литвина и тогдашнего министра внутренних дел Юрия Кравченко. Якобы именно они приказали генералу Пукачу и его подчиненным выкрасть и убить Георгия Гонгадзе.
Экс-глава МВД Юрий Кравченко был найден мертвым у себя на даче в марте 2005 года с двумя пулевыми ранениями в голову — только что избранный президентом Виктор Ющенко публично поклялся, что найдет убийц Георгия Гонгадзе, так что назначенные им новый глава МВД Юрий Луценко и глава СБУ Александр Турчинов искали убийц журналиста более чем активно. Да и вообще вдохновленные лозунгом «Бандитам — тюрьмы» старались привязать кучмовских чиновников, предпринимателей и всех, кто был связан с властью, к любым преступлениям. Эксперты назвали смерть Юрия Кравченко суицидом — вроде бы возле трупа даже была обнаружена предсмертная записка, а украинцы еще долго недоумевали и иронизировали по поводу самоубийства двумя выстрелами в голову.
Существует и, так сказать, народная версия убийства Георгия Гонгадзе, которая объясняет, почему глава крупнейшего европейского государства неожиданно приказал похитить и убить яркого, но ничем, в общем-то, не угрожавшего ему журналиста. Якобы глава администрации Кучмы Владимир Литвин приревновал его к коллеге, главному редактору «Украинской правды» Алене Притуле, и стал настраивать против него Кучму, рассказывая ему о том, что публикации Гонгадзе действительно угрожают президентской власти, а потом ловко использовал раздражение президента, который отдал Кравченко приказ использовать своих «орлов». Насколько все это имеет под собой основания, видимо, не узнает никто и никогда. Бессменный — с 2002 года — депутат, а дважды и глава Верховной рады Владимир Литвин имеет не только репутацию хорошего семьянина, но и депутатскую неприкосновенность. Алена Притула тоже никогда не давала интервью по этому поводу. О личной жизни на Украине принято рассказывать или хорошее, или вообще ничего. И спрашивать тоже. Так что никто из журналистов никогда даже не пытался расследовать «дело Гонгадзе» под этим углом.
Вероятность того, что реальные заказчики убийства Георгия Гонгадзе когда-нибудь будут найдены и наказаны, стремится к нулю. Несмотря на это, именно оно стало катализатором гражданских протестов 2000–2001 гг., а равно и всех последующих. Фактически оно спровоцировало создание того, что на Украине принято называть гражданским обществом.
