SASR агитировали за то, чтобы их поставили под их собственное командование и не привязывали к структуре сухопутного командования. В 1990 году были сделаны первые шаги к освобождению от сухопутного командования, когда был создан штаб сил специального назначения, с целью того, чтобы австралийские силы специального назначения в конечном итоге имели собственного генерал-майора во главе своего собственного командования, равного флоту (Королевский военно-морской флот Австралии), сухопутным силам (армия Австралии) и военно-воздушным силам (Королевские ВВС Австралии).
Ряд событий, произошедших в 90-х годах, значительно увеличили число сторонников командования в Австралии. Значительным изменением стало приход к власти либерально-национального коалиционного правительства Джона Говарда в 1996 году. С приходом этого правительства появилась более ориентированная на внешний мир позиция в области безопасности, по сравнению с позицией их предшественников-лейбористов, позиция, которая только укрепилась по мере того, как австралийский регион переживал период нестабильности. В конце 90-х годов на Фиджи, в Камбодже и на Соломоновых островах произошли сбои в системе безопасности, но больше всего новое правительство беспокоил рост политического насилия в Индонезии и Папуа - Новой Гвинее.
В Индонезии давнее диктаторское и крайне коррумпированное правительство президента Сухарто было дестабилизировано после азиатского валютного кризиса 1997 года. По мере падения курса индонезийской рупии движения за независимость набирали силу в Тиморе-Лешти и Западном Папуа, а по всей стране росло этническое насилие. Ситуация с правами человека и мошенническое экономическое поведение правительства Сухарто оказались под пристальным вниманием. В Индонезии созрели условия для революции.
Особую озабоченность премьер-министра Говарда вызывала бывшая австралийская колония Папуа - Новая Гвинея, и особенно Северный Соломонов остров Бугенвиль, где в полном разгаре было восстание между этническими сепаратистами и национальными силами Папуа - Новой Гвинеи, а также частными военными подрядчиками из Соединенного Королевства. Сценарии, при которых Австралии требовалось быстро перебросить войска за рубеж, были легко представлены правительством Говарда, и было ясно, что многие из этих сценариев лучше всего (или только) могут быть разрешены силами специального назначения.
Были проведены два структурных обзора вооруженных сил Австралии: "Армия в 21-м веке" и "Реструктуризация армии", поскольку скачки в развитии цифровизации, автоматизации, миниатюризации, авиации, связи и наблюдения значительно изменили способы применения военной мощи. В обзорах предлагалось значительно увеличить силы специального назначения Австралии, как по ресурсам, так и по численности, одна из основных рекомендаций заключалась в том, чтобы Австралия создала второй штатный полк "стрелков" спецназа, наряду с SASR, но отдельно от него (позже ставший 2-м полком коммандос).
SASR был разработан для работы небольшими и часто подпольными группами. Этот новый полк коммандос должен был иметь другую структуру, действуя в основном взводами, численностью около 30 человек. Он будет использоваться для открытых операций, включая захват аэродромов, создание плацдармов и оцепления при акциях прямого действия.
Планировалось, что набор возможностей нового полка коммандос будет отличаться от такового у SASR, но также и дополнять его. Однако на практике имело место значительное дублирование операций, особенно в Афганистане, что способствовало соперничеству и, во многих случаях, ненависти между двумя полками "стрелков".
В 1999 и 2000 годах австралийские силы специального назначения переживали период перемен, а также растущей полезности. Когда оба полка готовились к операции "Золото", крупной предолимпийской антитеррористической операции по обеспечению готовности, в крошечном развивающемся государстве Тимор-Лешти вспыхнуло насилие со стороны ополченцев, и оба полка были отправлены на север.
Австралия согласилась возглавить международные силы, уполномоченные Организацией Объединенных Наций для обеспечения стабильности и мира в Тиморе-Лешти, но когда было подсчитано, что Австралии потребуется развернуть 5000 военнослужащих, высокопоставленные лица правительства были шокированы, обнаружив, что это предел того, что силы обороны Австралии могут развернуть за рубежом.
Александр Даунер вспоминает:
- [Я подумал] "Ну, ничего страшного, мы можем найти пять тысяч военнослужащих, у нас в австралийской армии гораздо больше пяти тысяч солдат”. Ну, как оказалось, некоторые из них делают это, а некоторые - то, и их нужно ротировать и так далее, так что пять тысяч - это примерно наш предел. Мы такие: "Что вы имеете в виду, пять тысяч - это наш предел?". Вы просто не знаете об этом, как министр или премьер-министр. В 1999 году мы были действительно удивлены тем, насколько ограниченными были возможности сил обороны Австралии.
