Начавшееся 7 сентября 1939 г. мобилизационное развертывание Красной Армии вызвало новые преобразования управлений армейских групп. Витебская, Минская и Бобруйская АГ БОВО были переименованы соответственно в управления 3-й, 11-й и 4-й армий. Кроме того, была создана Конно-механизированная группа с использованием личного состава управления КалВО, а на базе управления МВО было сформировано управление 10-й армии. В КОВО процедура переименования армейских групп заняла больше времени. Так, Житомирская АГ была 16 сентября переименована в Шепетовскую, с 18 сентября - в Северную и с 28 сентября - в 5-ю армию. Винницкая АГ с 16 сентября стала Волочиской, с 24 сентября - Восточной, а с 28 сентября - 6-й армией. Кавалерийская АГ с 16 сентября стала называться Каменец-Подольской, с 20 сентября - Южной, а с 24 сентября - 12-й армией, которая, в свою очередь, была с 28 сентября вновь разделена на 12-ю армию и Кавалерийскую АГ. Одесская АГ была переименована в 13-ю армию1095 . Выделенные 11 сентября 1939 г. для проведения Польской кампании полевые управления БОВО и КОВО, фактически являвшиеся управлениями фронтов, были в соответствии с приказом наркома обороны № 0053 от 26 сентября 1939 г. переименованы в управления Белорусского и Украинского фронтов. Вместе с тем для управления войсками на территориях обоих округов были сформированы управления БВО и КВО, которые подчинялись Военным Советам соответствующих фронтов1096 .
В ЛВО 14 сентября 1939 г. Новгородская АГ была переименована в 8-ю армию, на базе управления КалВО было развернуто управление 7-й армии, а в Мурманской области приказом наркома № 0052 от 16 сентября создавалась Мурманская АГ. Завершение Польской кампании и расширение территории СССР привело к реорганизации военно-территориальных структур в БССР и УССР. Согласно приказа наркома обороны № 0057 от 11 октября 1939 г. Белорусскому фронту были подчинены войска, расположенные на территории БССР, а Смоленская область передавалась в состав КалВО. В составе войск фронта сохранялись управления 3-й (дислокация - Молодечно), 11-й (Гродно), 10-й (Белосток) и 4-й (Кобрин) армий. В состав Украинского фронта включались территории Киевской, Винницкой, Житомирской, Каменец-Подольской областей и территория Западной Украины. В составе войск фронта сохранялись управления 5-й (Луцк), 6-й (Львов), 12-й (Станиславов) армий и Кавалерийской АГ (Проскуров). Находившиеся ранее в границах КОВО территории Одесской, Николаевской, Кировоградской, Черниговской областей и Молдавской АССР из его состава исключались. На территории Одесской, Николаевской, Кировоградской, Днепропетровской, Запорожской областей, Молдавской и Крымской АССР формировался Одесский военный округ (ОдВО). Изменялись границы КалВО, который передавал МВО Ярославскую, а получал Смоленскую область. В свою очередь, МВО передавал Тамбовскую область в состав ОрВО, а в состав ХВО включались Черниговская, Харьковская, Полтавская, Сумская, Ворошиловградская, Сталинская области и исключались Днепропетровская, Запорожская области и Крымская АССР. Одновременно отменялось усиление управлений БВО и КВО1097 .
23 октября 1939 г. нарком обороны приказом № 0160 распорядился использовать управление КВО для формирования управления ОдВО, командующим войсками которого был назначен бывший командующий войсками КалВО комкор И.В. Болдин. Управление 13-й армии следовало передислоцировать в Станиславов и переименовать в управление 12-й армии, а личный состав находившегося там управления 12-й армии после сдачи дел следовало вернуть по месту прежней службы в управление ХВО1098 . 14 ноября приказом наркома обороны № 0177 управления Белорусского и Украинского фронтов были переименованы соответственно в управления БОВО и КОВО1099 . Тем временем основное внимание советского командования было привлечено к развитию ситуации вокруг Финляндии, на границу с которой были переброшены 26 октября управление 8-й армии, 15 ноября - управление 7-й армии, а 29 ноября нарком обороны отдал приказ № 0190 о переименовании Мурманской АГ в 14-ю армию и о формировании управления 9-й армии на Кемском направлении1100 .
