За Полтавскую баталию Яков Брюс был удостоен высочайшей награды России — ордена Андрея Первозванного. Впрочем, путь его не был усыпан розами. Отнюдь. Через пять лет после Полтавы — пять лет неустанных «трудов державства» — был он обвинен в хищении казны. Не нам, спустя почти три столетия, судить, был ли Брюс виновен. Пользоваться государственной казной как собственным карманом было у птенцов гнезда Петрова в порядке вещей, но все же, судя по косвенным сведениям, на Брюса это не похоже. Тем тяжелее было пережить опалу. Петр ведь не раз и не два прощал Меншикова, пойманного, что называется, за руку… Ну, отлупит палкой — и продолжай, Данилыч, в том же духе. Он и Брюса простил. Правда, палкой не бил — уважал. Но ждать прощения заставил долго — почти два года. Зато сразу искупил наказание высокими назначениями — сделал сенатором и президентом Берг- и Мануфактур-коллегий, да к тому же привлек к составлению воинского артикула. Чтобы понять, какая огромная ответственность вновь легла на плечи Брюса, нужно знать, что это такое — коллегии. Так вот, это нечто похожее на министерства (они появятся в России только в 1802 году, при Александре I). Берг-коллегия ведала горнорудной промышленностью: поиском, добычей, переработкой полезных ископаемых, строительством новых заводов, обучением мастеровых. Кр оме этого Брюс организовал первую в России лабораторию для пробирного исследования руд и металлов. Мануфактур-коллегия отвечала за развитие всей российской промышленности и создание мануфактур, которые объединяли в одной мастерской ремесленников разных специальностей, чтобы в одном месте можно было выполнить законченный цикл производства какого-то продукта. В то время это была самая передовая форма организации производства.
Мало того, что Брюс успевал все по своим должностям, он еще не оставил и обучение артиллеристов. Его ученики блестяще покажут себя в будущих войнах.
Заслуги Якова Вилимовича не остались незамеченными — Петр возвел его в графское достоинство. Но самой большой наградой было абсолютное доверие государя. Он не считал зазорным попросить совета в тех делах, в которых, по его мнению, Брюс его превосходил. Прежде всего это касалось науки. Брюс был одним из самых образованных людей своего времени, причем образованных всесторонне. Его знания математики, физики, естественных наук, в особенности астрономии и, разумеется, классической механики и линейной оптики, на которых она базируется, поражали современников. Он никогда не упускал возможности узнать новое. Пребывая в Англии в составе Великого Посольства, беседовал с самим Исааком Ньютоном, а потом больше года учился у одного из его самых одаренных учеников. Эти занятия не прошли даром. Петр действительно получил «своего» ученого в дополнение к тому, что уже имел в том же лице «своего» знатока артиллерии. Надежного, преданного.
Сразу после смерти императора Брюс подал в отставку. Екатерина в знак благоволения произвела его в генерал-фельдмаршалы, но со службы отпустила. Похоже, понимала: никому, кроме своего любимого государя, этот гордый, независимый человек служить не будет. Брюс уехал в Москву и, наконец, смог целиком посвятить себя науке. Впрочем, он еще и руководил Навигацкой школой. Потребность передавать свои знания молодым в нем не угасла. Навигацкая школа помещалась в знаменитой Сухаревой башне. Там Брюс создал первую в России обсерваторию. Вот тут-то с новой силой и поползли слухи, что, мол, живет в этой, ни на что не похожей башне, чародей-чернокнижник. Неопровержимым тому подтверждением сочли так называемый Брюсов календарь, в котором содержались ответы на все вопросы, какие только могут возникнуть у человека, а еще — пророчества, не хуже, чем у Нострадамуса. Календарь этот много раз переиздавали, дополняли, переделывали, но продолжали именовать Брюсовым, хотя и первоначально издан он был всего лишь «под надзрением Якова Вилимовича Брюса», а составлял его известный в ту пору издатель Василий Онуфриевич Киприянов.