Плохое управление и плохая организация контрудара со стороны командования армии и командования корпусов, слабое в течение всего дня управление войсками в значительной мере увеличили наши неудачи. В неудовлетворительном управлении войсками со стороны всех инстанций немалую роль сыграло плохое качество наших средств связи. Кроме того, наш командный состав не умел использовать радиосредства для управления, да и этих средств имелось мало. Наличие в армии управления командования и штаба 28-го стрелкового корпуса являлось лишней инстанцией управления и при незначительном числе стрелковых дивизий в армии не только не помогало управлению войсками, а, наоборот, создавало значительные трудности.
Разведывательных органов армия не имела, и поэтому данные о противнике определялись в ходе боя частей.
В неудачах советских войск немалую роль сыграла слабая связь командования и штаба 4 А с соединениями и частями окружного подчинения, находившимися в полосе армии. Эти войска, за исключением 14-го механизированного корпуса, несмотря на оперативное подчинение армии, руководствовались только указаниями своих фронтовых начальников. Они в первые же два дня войны ушли в тыл через Пинск или через Беловежскую Пущу и получили от штаба фронта новые задачи. Остатки Брестского пограничного отряда сразу после начала войны были переброшены на старую государственную границу. Командир 62-го укрепленного района генерал-майор М. И. Пузырев с частью подразделений наших пулеметно-артиллерийских батальонов, отошедших к нему в Высоком, в первый же день отошел на Бельск, а затем далее на восток. Командующий Кобринским бригадным районом ПВО вместе с подчиненным ему 218-м дивизионом ПВО и остальными частями 23 июня перебазировался из Береза-Картузской в Пинск, а позднее в тыл. Командир 10-й смешанной авиационной дивизии со штабом и остатками авиационных полков, как уже указывалось выше, по разрешению штаба фронта перешел 22 июня в Пинск, а 24 июня — в район Гомеля. 33-й инженерный полк, который штаб Западного фронта передал с 24 июня в подчинение 4-й армии с указанием, что «местопребывание полка неизвестно», отыскался лишь 6 июля в районе н/п Лунинец. С Пинской военной флотилией командующий армией также не имел связи и не знал, где и какие задачи она выполняет.
Отсутствие организованного армейского и фронтового тыла также явилось одной из причин наших неудач. С уничтожением фронтовых артиллерийских складов и складов горючего армия не имела возможности регулярно и планомерно пополнять войска боеприпасами и горючим. Распоряжение штаба фронта по тылу о подаче для 4-й армии боеприпасов, горючего и продовольствия на распорядительную станцию Лунинец осталось невыполненным. Если бы даже это фронт и сделал, то снабжение войск армии не улучшилось бы, так как армия не могла подвезти эти материалы войскам: автотранспорта не имелось ни в стрелковых дивизиях, ни в армейских тылах, а бывшие у них перед войной автомашины сожгла немецкая авиация. Отсутствие необходимого количества автотранспортных средств не позволяло наладить нормальную эвакуацию раненых и больных. Тяжелораненых приходилось эвакуировать через гражданские больницы или оставлять на попечение местных жителей.
Личный состав войск 4-й армии в боях первых дней войны хотя и показывал удивительную выносливость и беззаветное мужество, но не мог противостоять превосходящим силам более опытного противника.
После отхода советских войск из района Бреста оборона собственно Брестской крепости продолжалась еще несколько месяцев. Можно выделить три периода обороны цитадели: первый — с 22 по 30 июня, второй — с 30 июня по 23 июля, третий с 23 июля по сентябрь 1941 года. Есть и другие подходы к периодизации. Документы подтверждают 32 дня обороны — эта дата зафиксирована рапортом немецких солдат, взявших в плен майора П. М. Гаврилова. А начало ее — обрывки приказа № 1, найденного в развалинах. Исходя из этих данных, часть историков делят оборону крепости на два периода: с первого залпа на рассвете 22 июня 1941 года до конца месяца — период организованной обороны; с начала июля до 23 июля — период очагового сопротивления. Далее следует весьма спорный период одиночного сопротивления.
После захвата 22 июня здания клуба (церкви) немцами им «в спину» был нанесен контрудар, организованный силами пограничников (9-я застава и штаб 3-й комендатуры погранвойск размещались в одном здании, у Тереспольских ворот) и бойцов 333-го стрелкового полка под командованием старшего лейтенанта А. Е. Потапова. Часть германских солдат с рацией осталась в здании церкви, другие устремились к восточной оконечности укрепления в район Холмских ворот. Здесь их продвижение было остановлено, хотя только в цитадели бойцы отразили 8 мощных атак в первый день войны.
