Комиссия действительно посетила Нестерова, заинтересовавшись в том числе знаменитым двойным портретом Флоренского и Булгакова, но приобретен он не был. Да и вряд ли это было возможно, учитывая абсолютный антагонизм между тем, что писал в эти годы художник, и тем, чего требовали большевики от деятелей искусства. Даже Щусев-директор вряд ли мог чем-нибудь помочь, даже если и хотел, и потому Нестеров порою с такой обидой пишет о своем друге. И все-таки как бы ни был строг Михаил Васильевич Нестеров к Алексею Викторовичу, а о его отставке с поста директора Третьяковки он все же сожалел: «В Москве, в художественном мире, с одной стороны, выставки, юбилеи… С другой – неожиданный „разгром“ во Вхутемасе – его крен налево. Причем получилось, что прославленные профессора – Кончаловский, Машков, Пав. Кузнецов, Фаворский – на днях проснулись уже не профессорами, а лишь доцентами со сниженным жалованьем… Все растеряны, потрясены, удивлены. Хотят куда-то идти, где-то протестовать… В Третьяковской галерее тоже „новизна сменяет новизну“. Там полевение не меньшее. И теперь думать нам, старикам, о чем-нибудь – есть бессмысленное мечтание. И все это произошло за какие-нибудь два последних месяца, когда ушел или „ушли“ очаровательного болтуна Щусева, который вчера должен был вернуться из Парижа в Гагаринский переулок». Эпитет «болтун» звучал из уст Нестерова совсем не обидно для Щусева. Евгений Лансере отмечал, что друг о друге они часто отзывались с определенной долей юмора: «Нестеров, всегда любя, но с иронией говорит о Щ[усеве]».
Нравственно-философскую линию в портретном творчестве художник продолжил и развил в своих последующих работах. В этом ряду первое место занимает портрет философа Ивана Ильина – «Мыслитель» (1921–1922). О работе над этой картиной Нестеров рассказывал своему близкому другу художнику Александру Турыгину. Москва, 5 июня 1921 года: «Я постарел, но много работаю, еще порох есть. Затеваю портрет с одного из замечательных наших ученых-философов… Пиши в Москву, на Сивцев Вражек, д. 43, кв. 12». В сентябре 1922 года Ильин был выслан на «философском пароходе». Затем были портреты Виктора Васнецова (1925), Ивана Шадра (1934) и Веры Мухиной (1940). Шадра наряду с Мухиной Нестеров считал лучшими скульпторами современности. Позировали художнику академик Иван Павлов (1935), художница Елизавета Кругликова (1938), ученый Отто Шмидт (1937), хирург Сергей Юдин (1935). Нестеров, будучи человеком бескомпромиссным, писал лишь тех, кого хотел.
По-своему трактовал смысл созданной Нестеровым галереи лучших представителей своего времени Михаил Пришвин. Писатель-натуралист пытался сравнить свое творчество с нестеровским: «В моих писаниях, даже самых лучших, вроде „Гаечки“, „Раки“ и т. п., есть упрямство в избегании привлечения к природе напрямую человеческой души. Я остаюсь у самой границы встречи божественной природы человека, его духа с обыкновенной „натуральной“ природой. Нестеров из того же чувства природы вывел своих святых людей: я это сделать не посмел, а м. б., мне это и не свойственно. Я бы хотел эту же святость увидеть не в монахах с нимбами, а в живых людях, изобразить их не как свечение природы, а как волю божественной природы человека. Не это ли самое привело Нестерова к попытке писать портреты великих людей? Вот именно у Нестерова и в его природе, и в его святых людях не хватает выражения божественной воли, святого строительства и здоровья человека, обеспеченного его духовностью. У Нестерова человек дан в излучении его святости, а не в святом деле…» (из дневника от 21 февраля 1942 года).