Одна из выдумок сексота, по-видимому, особо заинтересовала следствие, так что показание было даже подчеркнуто в протоколе допроса и использовано в «Обвинительном заключении»: «Отт я знаю как озлобленного человека. Она предпочитала германский порядок Советскому правительству, о чем несколько раз говорила мне лично». В мае 1948 года обвиняемой Алисе Отт прочли эти показания, и она гордо ответила на эту мерзость следователю: «Я — француженка. Уже третья война, как большая часть мужчин в моей семье убита и искалечена немцами». «Я желала только одного и с самого начала войны верила в это — победу Советской Армии».
Молодая сексотка заявила, что летом 1947 года она присутствовала при разговоре отца Жана Тома и Алисы Отт и что последняя «вводила Тома в курс советской жизни, при этом высказывала разные клеветнические вещи». А студентка исторического факультета МГУ, также работавшая на чекистов, показала, что в декабре 1945 года в связи с отъездом отца Леопольда Брауна из Советского Союза она «была передана на связь американскому разведчику Лaбержу, а потом и Тома, по заданию которого продолжала вести разведывательную работу против Советского Союза». Так что на настоятеля церкви Святого Людовика, отца Жана Тома компромат уже собирался, хотя он об этом и не подозревал.
15 марта 1948 года следователю пришлось срочно прервать допрос Алисы Отт, дочери заведующей церкви Святого Людовика. На полях протокола причину отсутствия подписи допрашиваемой он пояснил «странным поведением обвиняемой: бессвязными речами и разговором с погибшим ранее отцом». До этого Алиса Отт отказывалась подписывать обвинения, несмотря на угрозы и издевательства, помещение в ледяной карцер и неоднократные инсценировки расстрела. Возможно, начало психического заболевания было связано с обвинениями, подписанными сексотом, «в интимных связях ее со священниками», непереносимыми для глубоко верующей католички, либо инсценировками расстрела. 29 марта 1948 года обвиняемая Алиса Альбертовна Отт была направлена на экспертизу в Институт судебной психиатрии. Заключение медицинской комиссии института гласило о «душевном заболевании в форме шизофрении» и о необходимости направления ее на принудительное лечение в психиатрическую спецбольницу МВД.
Несмотря на постоянное давление, угрозы ареста дочери, конвейер допросов и неоднократные помещения в карцер за отказ от сотрудничества со следствием, Алиса Бенедиктовна Отт не подписала предъявленного ей обвинения в шпионаже. Позднее, из лагеря она в одном из заявлений объяснила это так: «Я не могла фальшивым признанием быть причиной ареста и несчастья сотни людей, которых я встречала за столько лет работы в церкви и во французском посольстве». 28 августа 1948 года Алиса Отт, женщина-инвалид шестидесяти двух лет, была приговорена к 15 годам лагерей. И хотя следствие настаивало на отправке ее в особый каторжный лагерь, она попала сначала в общий, а позднее — в инвалидный лагерь, где и встретилась с прихожанками, подписавшими против нее все обвинения на следствии и также отправленными в лагерь «за шпионаж».
* * *После ареста старосты церкви Алисы Отт с дочерью и других прихожан новая приходская «двадцатка» в основном состояла из одних иностранцев, чего и добивались власти. 23 мая 1950 года, несмотря на дипломатические усилия, церковь Святого Людовика у посольства Франции отняли. Переговоры французского посольства с МИДом СССР ни к чему не привели, протестовать было бесполезно: церковь, настоятель которой и «двадцатка» приходской общины — иностранцы, представлялась властям просто аномалией, и формально это противоречило закону. Отец Жан Тома попытался собрать новую «двадцатку» приходской общины из представителей дипломатического корпуса, но власти не признали ее, требуя собрать «двадцатку» советских граждан.