Первоначально власти действительно предполагали провести коронацию после посвящения Филарета Романова в сан патриарха и торжественной церемонии захоронения мощей царевича Дмитрия в Архангельском соборе.
Однако царь был напуган попыткой мятежа и решил короноваться за три дня до возвращения Романова и перенесения останков царевича в столицу.
Коронационные торжества, по словам очевидцев, прошли «в присутствии более черни, чем благородных», и без особой пышности.
В соборе священнодействовал не патриарх, а новгородский митрополит Исидор, которому помогал Пафнутий. Исидор надел на царя крест святого Петра, возложил бармы и царский венец, вручил скипетр и державу. При выходе из собора царя Василия осыпали золотыми монетами.
По традиции любая коронация сопровождалась щедрыми царскими пожалованиями. Однако Василий Шуйский скупо жаловал думные чины и деньги. Дворяне были недовольны этим, и за Шуйским прочно утвердилась репутация скупца. Конечно же, царь Василий избегал денежных трат в силу необходимости. Ему поневоле пришлось довольствоваться скромной коронацией и сократить денежные раздачи.
Отставка Филарета была встречена в столице с неодобрением. Смута ширилась, и церкви нужен был авторитетный руководитель, который мог бы твердой рукой повести за собой разбредшуюся паству. В конце концов царь Василий остановил свой выбор на казанском митрополите Гермогене. Ровесник царя Ивана IV, Гермоген пережил четырех царей, из которых по крайней мере двое побаивались упрямого и несговорчивого пастыря.
В дни междуцарствия после смерти царя Федора Борис Годунов надолго задержал митрополита в Казани, чтобы воспрепятствовать его участию в царском избрании. Владыка один не побоялся открыто осудить брак Лжедмитрия I с католичкой Мариной Мнишек, за что был сослан. Царь Василий мог не сомневаться в том, что Гермоген решительно поддержит его в борьбе со сторонниками Лжедмитрия. Ко времени занятия патриаршего престола Гермогену исполнилось 75 лет. Он достиг глубокой старости.
О жизни Гермогена известно не много. Происходил он, видимо, из посадской среды. В Вятке сохранилась икона с записью о том, что этой иконой патриарх Гермоген в 1607 г. благословил «зятя своего Корнилия Рязанцева», посадского человека с Вятки. Оставив семью, будущий иерарх бежал в дикое поле. Поляк Александр Гонсевский, хорошо знавший владыку, имел письменное свидетельство о нем одного московского священника. По словам священника, Гермоген пребывал «в казаках донских, а после — попом в Казани».
Казаки выдвинули из своей среды многих известных деятелей Смуты, к которым следует отнести и патриарха. Какое-то время Ермолай (Ермоген) провел в походах и войнах. Первое упоминание о Гермогене как священнослужителе относится ко времени, когда ему было 50 лет. Тогда он был попом одной из казанских церквей. Этот факт имеет документальное подтверждение.
В 60 лет Гермоген получил сан казанского митрополита. Его личные качества соответствовали характеру миссии: владыке предстояло насадить православие в инородческом Казанском крае.
Предшественник Гермогена патриарх Иов удивлял всех громозвучным голосом, звучавшим, «аки дивная труба». Гермоген не обладал необходимым для пастыря красивым голосом, но был «словесен и хитроречив», «не сладкогласен», «нравом груб», «прикрут в словесехи возрениях». Патриарх был человеком вспыльчивым, властным и резким. К врагам он относился без всякого милосердия.
Новая династия не могла обойтись без поддержки всего дворянского сословия в целом. Избрание Шуйского поддержали московские и новгородские дворяне, участвовавшие в заговоре. В целом же в армии царил разброд.
Избиения иноземцев в Москве дали Речи Посполитой повод для вмешательства в русские дела. Ввиду этого Боярская дума решила задержать в Москве как Юрия Мнишека, так и прибывших с ним польских послов с их свитой. Подавляющую часть солдат, нанятых Мнишеком для Лжедмитрия, московские власти поспешили выпроводить на родину.
Русские приверженцы свергнутого царя внушали Шуйскому не меньше тревог и подозрений, нежели бывший «главнокомандующий» Мнишек.
Ближайшим соратником и любимцем «вора» был его боярин и дворецкий князь Василий Рубец-Мосальский. При Грозном князья Мосальские изредка входили в думу, но только в низших думных чинах. Шуйский отнял у князя чин дворецкого, но сохранил за ним боярское звание.
Князь был отослан на воеводство в глухую пограничную крепость Корелу.
Среди Нагих Михаил сохранил боярский чин, а его братья были переведены в окольничие, что более соответствовало их происхождению и службе. Окольничий князь Александр Жировой-Засекин получил назначение на воеводство в Торопец. Царь сохранил звание думного дворянина и ловчего за Гаврилой Пушкиным, но назначил его воеводой в пограничную крепость. Думный дьяк Иван Стрешнев получил повышение — был произведен в думные дворяне, но вскоре же отослан на воеводство в Устюг Великий.
Государственный печатник Богдан Сутупов бежал из Москвы, опасаясь за свою жизнь. Казначей Афанасий Власьев был отправлен городовым дьяком в Уфу.
