В Охотске была основана контора Российско-Американской компании, управлявшая Курильскими островами. В 1798 году она послала на Курилы экспедицию под начальством старого шелеховца Баннера. Отряд зимовал на островах. Вскоре в Охотске появились первые военные суда, которые крейсировали в Охотском море и охраняли Курильские острова от посягательства японцев.
Так русский народ в XVIII веке осваивал скалистые острова, открытые Наседкиным и Козыревским. Лучшая научная работа о Курильских островах того времени принадлежала перу трудолюбивого Степана Крашенинникова и была помещена в его замечательном труде «Описание земли Камчатки», который удостоился высокой оценки Ломоносова. Русская наука в те годы немало потрудилась над уточнением названий Курильских островов, было определено географическое положение главных островов гряды. Их считалось двадцать два, причем остров Матсмай (Хоккайдо, Иезо) включался в это число на том основании, что был населен преимущественно айнами.
В XVIII веке на Курильских островах были собраны этнографические и другие коллекции. Начало этому было положено еще И. Козыревским. Русский народ впервые познакомился с курильцами — айнами. Предания айнов говорили о том, что их предки жили не только на Курильских островах, но и во всей Японии и были вытеснены оттуда японцами к XII столетию нашей эры. Известно, что японцы нещадно притесняли и истребляли айнов, чего никогда не скрывали историки и географы Японии.
Айны охотно воспринимали от русских их полезные обычаи. Некоторые из курильцев селились в Охотске, на Камчатке и даже в Сибири. Русские же, укрепившись на Курильских островах, жили там до 1875 года в полной дружбе и согласии с айнами.
Василий Звездочетов, начальник русского поселения на острове Уруп, был немало разгневан, когда в 1801 году там появились японские чиновники Тоява Гэнзюуроо Ясутака и Мияма Ухэида Ун-Эи. Они приплыли в русские владения и, пользуясь малой численностью поселенцев, поставили на берегу столб с кичливой надписью: «Остров подчинений Великой Японии пока существует Небо и остается Земля». Сами японцы великолепно знали, что ни Уруп, ни Итуруп, как и другие острова Курильской гряды, никогда не принадлежали Японии.
«…С древнейших времен совсем не было японцев, которые ездили бы туда и обратно между Эторофу и Японией», — писал в 1800 году ученый-самурай Морисигэ. Этот японец бесчинствовал на Итурупе, приказывал айнам прекратить дружбу с русскими. Самураи видели Василия Звездочетова, но побоялись его тронуть. Зато они следили за каждым его шагом, и в 1805 году японский летописец с облегчением сообщил, что русский начальник Курильских островов умер. Остальные русские, обитатели острова Уруп, оставшись без средств к существованию, решили вернуться на Камчатку. Но курильцы с острова Рашау сами решили отправиться на остров Итуруп и заявить на него свои права российских подданных. В 1805 году небольшой отряд под начальством курильского старшины Максима Григорьевича (фамилия неизвестна), не раз бывавшего в различных русских экспедициях, высадился на берегу Итурупа, близ урочища Сибэторо. Однако японцы успели поставить там свою стражу, которая захватила Максима Григорьевича в плен. В то время на Итуруп прибыл знаменитый Мамия Ринзоо — астроном, историк, архитектор и шпион.
Николай Резанов, комиссар первой русской экспедиции вокруг света, узнал в 1805 году о происках японцев на Курилах. Он написал тревожное донесение в Петербург о том, что матсмайские самураи готовы захватить остров Уруп. На Камчатке еще не знали ничего об участи Звездочетова и других урупских поселенцев. Поэтому Резанов приказал мичману II. Давыдову идти к острову Уруп на корабле «Авось». Сильные ветры и штормы, начавшиеся уже за алеутским островом Уналашка, заставили Давыдова повернуть обратно к берегам Камчатки. О судьбе Василия Звездочетова узнал лишь в 1807 году Н. А. Хвостов, когда он вместе с Г. И. Давыдовым осуществил свой известный вооруженный поход на Курилы. Тогда он и нашел на острове Уруп доску с надписью об умерших поселенцах и узнал, что после смерти Звездочетова и долгих бедствий оставшиеся в живых покинули остров.
Самурай Морисигэ, осквернивший русские могилы на острове Итуруп, знал о первенстве русских людей в заселении острова. Однако к приходу Н. А. Хвостова на Итуруп японцы успели построить там подобие каменной крепости, винокуренный завод, казармы. Русские офицеры не могли спокойно смотреть на наглый захват Итурупа японцами, надругательства над русскими могилами и установку столба с хвастливой надписью. К тому же Н. А. Хвостов располагал сведениями, что около 1797 года японцы умертвили нескольких русских, потерпевших кораблекрушение возле Урупа. И Хвостов открыл военные действия против японских захватчиков Итурупа.