В 1963 году Эфросу предложили возглавить Московский театр им. Ленинского комсомола, переживавший не лучшие времена. За короткий срок режиссёру удалось возродить и этот театр; как и ранее в Центральном детском, он отдавал предпочтение современной драматургии, нередко придавая глубину и тем пьесам, которые её не имели. Эфрос и здесь ставил Розова, в котором нашёл своего драматурга, а также Арбузова и Радзинского, большим успехом пользовались его спектакли «В день свадьбы», «104 страницы про любовь», «Мой бедный Марат», «Снимается кино…». Здесь Эфрос впервые соприкоснулся с классикой, поставив в 1966 году «Чайку» А. Чехова, и этот спектакль оказался не менее актуальными. В спектакле Эфроса главным героем стал Треплев, и все остальные персонажи определялись своим отношением к Треплеву; так, Нина Заречная неожиданно оборачивалась хищницей, одержимой жаждой славы и карьеры, и в финале несла заслуженное, по Эфросу, наказание.
Последним спектаклем Эфроса в «Ленкоме» стал «Мольер» М. Булгакова, поставленный в конце 1966 года; вскоре после его премьеры, в начале 1967-го, Эфрос был отстранён от руководства театром. В 1967 году стал очередным режиссёром Московского драматического театра на Малой Бронной. Вместе со своим режиссёром из театра в театр переходила и группа его актёров-единомышленников, в том числе любимая актриса Эфроса – О.М. Яковлева.
А. Дунаев, руководивший театром, не мешал Эфросу создавать свой театр внутри Театра на Малой Бронной; в глазах московских театралов это был скорее «театр Эфроса». За 17 лет работы он создал ряд спектаклей, ставших классикой советского театра. В их числе «Три сестры» Чехова, «Ромео и Джульетта» и «Отелло» Шекспира, «Месяц в деревне» И. Тургенева, «Женитьба» Н. Гоголя, «Дон Жуан» Мольера, в котором заглавную роль в очередь исполняли Михаил Козаков и Николай Волков, и это были два разных спектакля. В этот период о театре Эфроса и его актёрах заговорили как о художественном направлении.
Помимо театра, Анатолий Эфрос много работал на телевидении, поставил ряд спектаклей, снял несколько телевизионных и нетелевизионных фильмов, в том числе «В четверг и больше никогда», вошедший в число лучших лент советского интеллектуального кино. Известен телевизионный спектакль Эфроса «Всего несколько слов в честь господина де Мольера» с Юрием Любимовым в роли Мольера.
В 1976 году он стал заслуженным деятелем искусств РСФСР.
В 1979 году спектакль «Дорога» по поэме Н. Гоголя «Мёртвые души» не получился. В 1984 году вспыхнул конфликт, в результате которого режиссёры Дунаев и Эфрос оказались вынуждены покинуть театр.
В 1983 году, находясь в зарубежной командировке, Юрий Любимов, руководитель Театра на Таганке, дал интервью, где критически отзывался о культурной политике советских властей. В 1984 году Эфрос был назначен главным режиссёром Театра на Таганке вместо Юрия Любимова, который в свое отсутствие был уволен с должности художественного руководителя и спустя несколько месяцев лишен гражданства СССР.
Любимов обвинил своего преемника в пренебрежении корпоративной этикой и солидарностью. Большая часть труппы бойкотировала нового художественного руководителя; несколько известных актёров даже демонстративно покинули Театр на Таганке, ушёл в «Современник» и многолетний соратник Любимова художник Давид Боровский.
Эфрос поставил в театре несколько спектаклей, возобновил «Вишнёвый сад» А. П. Чехова, поставленный им ещё в 1975 году; но труппа режиссёра не приняла, тем более что и эстетика его значительно отличалась от эстетики Любимова. Последним спектаклем Эфроса стал мольеровский «Мизантроп», вышедший осенью 1986 года.
В 1985 году произошла смена руководства страны, сделавшая возможным возвращение Любимова. Эфрос должен был уйти; он подписал коллективное письмо актёров Таганки в поддержку возвращения Любимова, но уходить ему было некуда.
Психологическое и эмоциональное напряжение режиссёра на фоне разраставшегося конфликта послужило косвенной причиной инфаркта.
Эфрос умер 13 января 1987 года.
Похоронен на Кунцевском кладбище Москвы.
Михаил (Моисей) Абрамович Швейцер родился 16 февраля 1920 года в Перми. Весной 1925 года семья переехала в Москву. Окончил режиссёрский факультет ВГИКа в 1943 году. Он учился в мастерской Эйзенштейна. «Я ученик Эйзенштейна, – любил говорить Швейцер. – Я действительно помню многие его заветы…»
Его появление в кино пришлось на период «борьбы с космополитизмом». Уволенный с киностудии «Мосфильм», он только при помощи М.И. Ромма, у которого был ассистентом режиссера на фильме «Человек № 217», смог устроиться на Свердловской киностудии режиссером документальных фильмов.
В 1954 году удалось снять фильм «Кортик» по Рыбакову.
