Шуйский был свергнут, бояре впустили в Москву польское войско гетмана Жолкевского и отправили в стан Сигизмунда посольство, чтобы просить его сына, королевича Владислава, на русский трон. Сигизмунд согласился, но потребовал от послов сдачи Смоленска. Послы, передав его слова смолянам, поставили их в сложное положение. Совершенно неожиданно им пришлось решать, продолжать оборону или впустить в Смоленск Владислава с польским войском. Смоляне согласились впустить Владислава как русского царя, но не как польского королевича, сопровождаемого польскими ратными людьми. Но на этом настаивает Сигизмунд, таково его последнее условие.
Над Смоленском уже не было верховной власти, церковь освободила всех от клятвы верности низложенному царю, смоляне с крепостных стен видели пленного Шуйского в королевском лагере на пути в Варшаву. Так что некому было «казнить их казнью» за сдачу города. Многие русские города признали Владислава царем, и поляки на этом основании называли жителей Смоленска изменниками. Смоленск — ключ к Москве, но зачем хранить ключ, когда сбит замок? К тому же город в течение года выдержал осаду, горел от раскаленных польских ядер, жители страдали из-за отсутствия соли и были поражены каким-то моровым поветрием. Превосходство польской армии было настолько очевидным, что падение крепости было лишь делом времени, так как ждать помощи не приходилось, а условия сдачи были милостивыми. Пришло время подумать о жизни женщин и детей и прекратить бессмысленное кровопролитие. Дети боярские, дворяне и стрельцы колебались, не знали, какой дать ответ, воевода молчал, архиепископ безмолвствовал. Черные люди посадские, ремесленники и купцы настояли на обороне Смоленска. Русскому посольству во главе с митрополитом Филаретом представители Смоленска, дети боярские и дворяне, разъясняли, что хотя поляки в город и войдут, но важно, чтобы их, смолян, в этом вины не было. Поэтому они решили: «Хотя в Смоленске наши матери и жены, и дети погибнут, только бы на том стоять, чтобы польских и литовских людей в Смоленск не пустить».
После такого ответа поляки пошли на приступ. Взорвав башню и часть стены, они трижды пытались ворваться в город, но безуспешно, после чего возобновили правильную осаду, днем и ночью засыпая Смоленск ядрами. Потом снова шли на штурм крепости, снова отступали, палили по стенам и башням из пушек, снова вели подкопы и взрывали укрепления и так в течение целого года. К лету 1611 года число жителей сократилось с 80 до 8 тысяч, а оставшиеся в живых дошли до последней степени телесного и душевного изнурения. Когда 3 июня королевская артиллерия, сосредоточив весь огонь на отстроенном недавно участке крепостной стены, разрушила его полностью и войско Сигизмунда вошло, наконец, в город через образовавшийся пролом, оно не встретило сопротивления: те смоляне, которым невмоготу было видеть над Скавронковской башней польское знамя, заперлись в соборной церкви Богородицы и взорвали под собой пороховые погреба (по примеру сагутинцев, замечает польская хроника); другим уже все было безразлично: безучастно смотрели они на входящих победителей, Сигизмунду передали ответ пленного смоленского воеводы Шеина на вопрос о том, кто советовал ему и помогал так долго держаться: «Никто особенно, никто не хотел сдаваться». Эти слова были правдой. Одного взгляда на лица русских ратных людей было довольно, чтобы понять, что брошенное оружие не служило просьбой о пощаде. Русские не испытывали ни страха, ни надежды, только безмерную усталость. Им уже нечего было терять. Никто не упрекнул бы Сигизмунда, если бы он предал пленных смерти: не было капитуляции, не было условий сдачи, никто не просил о пощаде. Сигизмунд, однако, не захотел омрачать бойней радость победы и разрешил всем, кто не хочет перейти на королевскую службу, оставив оружие, покинуть Смоленск. Ушли все, кто еще мог идти. Пошли на восток от города к городу по истерзанной Смутой земле, тщетно ища приюта, питаясь подаянием Христа ради. Когда добрались до Арзамаса, местные земские власти пытались было поселить под городом нищенствующих дворян и детей боярских, да арзамасские мужики не захотели превращаться из черных крестьян в крепостных и прогнали новоявленных помещиков дубьем.
Эти странники с гноящимися под драным рубищем ранами, с беззубыми от цинги ртами еще не знали, что пролитая кровь, смерть товарищей, гибель семей не были бесцельной, бессмысленной жертвой. Они выполнили долг перед государством как смогли, но где оно, их великое государство? Без малого восемьсот верст прошли они, но на своем скорбном пути видели лишь одну и ту же мерзость запустения. Защитники Смоленска не могли и подумать, что истинными победителями остались они.