В Бабьем Яру собирались поставить памятник жертвам нацистского геноцида. Архитектор А. Власов создал проект памятника, а художник Б. Овчинников подготовил эскизы. Но с началом антиеврейской кампании 1948-49 гг. в СССР стали избегать упоминаний о Бабьем Яре. Политика замалчивания продолжалась и после смерти Сталина. В 1959 г. писатель Виктор Некрасов выступил на страницах "Литературной газеты" с призывом воздвигнуть памятник в Бабьем Яру вместо того, чтобы создавать стадион на месте оврага, как планировали власти. В сентябре 1961 г. в той же газете появились стихи Е. Евтушенко "Бабий Яр". Своим вызовом антисемитизму он обвинил тех, кто пытался замолчать мученичество евреев. Эти стихи вызвали бурную общественную реакцию в СССР и произвели огромное впечатление на мировое общественное мнение. Д. Шостакович переложил их на музыку в 13-й симфонии, впервые прозвучавшей в декабре 1962 г. и после этого почти не исполнявшейся. Евтушенко подвергся суровой критике со стороны ряда антисемитских литераторов. 8 марта 1963 г. его публично осудил Н. Хрущев. Тема мученичества евреев была запрещена. Однако Бабий Яр стал одной из ведущих тем одноименной документальной повести А. Кузнецова (первая публикация - журнал "Юность", 1966; издание с восстановлением мест, выброшенных и искаженных советской цензурой, осуществлено автором в эмиграции, 1970).
13 марта 1961 г. произошла так называемая куреневская трагедия: пульпа, которую закачивали по трубопроводам в Бабий Яр, прорвала защитные сооружения и устремилась на городской район Куреневка. Погибли сотни людей, был уничтожен жилой массив, депо, пострадали несколько заводов. А. Кузнецов писал: "Попытка стереть Бабий Яр... привела к новым массовым жертвам, даже возникли суеверия. Популярной была фраза: "Бабий Яр мстит"".
С середины 1960-х гг. каждый год евреи Киева и других городов отмечали, несмотря на запрещения и преследования со стороны властей, годовщину гибели своих братьев в Бабьем Яру, возлагаются венки и произносили речи. В 1966 г., в день 25-й годовщины расстрелов, среди выступавших был украинский писатель Иван Дзюба. Его речь была проникнута симпатией и сочувствием к еврейскому народу и пониманием международного смысла трагедии в Бабьем Яру. За выступление на несанкционированном митинге в Бабьем Яру 29 сентября 1968 г. был арестован и осужден киевский еврейский правозащитник Б. Кочубиевский. В 1971 г., когда день массовых расстрелов евреев в Бабьем Яру (по гражданскому календарю) совпал с Иом-Киппур, несколько сот евреев Киева и других городов молились и постились у Бабьего Яра, а группа американских евреев - у здания ООН.
В начале 1970-х гг. под давлением международных организаций министерство культуры Украины вынуждено было организовать конкурс на проект памятника в Бабьем Яру. В объявлении об открытии выставки проектов вместо названия "Бабий Яр" фигурировало "Шевченковский район". Наиболее интересные проекты были отвергнуты комиссией из-за "отсутствия оптимизма". В 1976 г. вблизи Бабьего Яра установлена помпезная "героическая" мемориальная композиция, нисколько не отвечающая духу происшедшей здесь трагедии. В надписи на монументе не было никаких намеков на то, что подавляющее большинство расстрелянных здесь "советских граждан" - евреи. Во всех путеводителях и справочниках мемориал назывался "памятник в Сырецком массиве".
С восстановлением независимой Украины отношение властей к памяти жертв Бабьего Яра изменилось. К 50-летию трагедии в 1991 г. были проведены церемонии, посвященные памяти жертв Бабьего Яра. Председатель Верховного Совета Украины Л. Кравчук (позднее - первый президент страны) на массовом траурном митинге с участием зарубежных, в том числе израильских, гостей принес извинения еврейскому народу в связи с участием украинцев в гитлеровском геноциде.
В 1991 г. место уничтожения евреев в Бабьем Яру было отмечено памятным знаком - менорой. В 1992 г. недалеко от Бабьего Яра был установлен памятник уничтоженным еврейским детям. В 2003 г. во время визита на Украину президента Израиля М. Кацава, рядом с менорой был установлен памятный знак.
С 1991 г. ежегодно 29 сентября в Бабьем Яру происходят траурные митинги, в которых принимают участие украинские государственные деятели, посол Израиля, представители международных еврейских организаций, делегации разных стран, тысячи евреев Киева.