Наряду с различными структурными изменениями совершенствовалось правовое регулирование работы военной контрразведки. В настоящее время задачи и направления ее деятельности определены Федеральным законом РФ «О Федеральной службе безопасности» от 3 апреля 1995 года № 40-ФЗ с соответствующими изменениями и дополнениями, а также «Положением об управлениях (отделах) Федеральной службы безопасности Российской Федерации в Вооруженных силах Российской Федерации, других войсках, воинских формированиях и органах (органах безопасности в войсках)», утвержденным Указом Президента РФ от 7 февраля 2000 года № 318.
«В систему органов безопасности в войсках входят Департамент военной контрразведки ФСБ России, а также управления и отделы Федеральной службы безопасности по военным округам и флотам, внутренним войскам МВД, Космическим войскам РФ, Командованию специального назначения[338], объединениям центрального подчинения; отделы ФСБ по объединениям, соединениям, воинским частям, гарнизонам, военным образовательным учреждениям вооруженных сил, других войск, воинских формирований и органов. ДВКР осуществляет непосредственное руководство органами безопасности в войсках, обеспечивает безопасность в центральных органах управления вооруженных сил, других войск, воинских формирований и органов, а также в непосредственно подчиненных им воинских частях и организациях.
Задачи органов безопасности в войсках стали гораздо шире и разностороннее тех, которые решались военной контрразведкой в советский период. Но, как и прежде, на первом месте стоит выявление, предупреждение и пресечение разведывательной и иной деятельности спецслужб и организаций иностранных государств, а также отдельных лиц, направленной на нанесение ущерба безопасности Российской Федерации, Вооруженных сил РФ, других войск, воинских формирований и органов. Важное значение имеет добывание разведывательной информации об угрозах безопасности нашей стране и ее вооруженным силам; совершенно новым стало выявление, предупреждение и пресечение террористической и диверсионной деятельности, а также преступлений, отнесенных федеральным законодательством к подследственности органов Федеральной службы безопасности, и предотвращение несанкционированных действий с оружием массового поражения. Задачу обеспечения защиты сведений, составляющих государственную тайну, также можно назвать традиционной, зато организация и осуществление в Вооруженных силах РФ, других войсках, воинских формированиях и органах во взаимодействии с другими государственными органами борьбы с организованной преступностью, коррупцией, контрабандой, незаконным оборотом оружия, боеприпасов, взрывчатых и отравляющих веществ, наркотических средств и психотропных веществ, специальных технических средств, предназначенных для негласного получения информации, с незаконными вооруженными формированиями, преступными группами, отдельными лицами и общественными объединениями, ставящими своей целью насильственное изменение конституционного строя, насильственный захват или насильственное удержание власти вошли в функции военной контрразведки сравнительно недавно. В числе задач остаются также участие в обеспечении Президента РФ, председателя Правительства России и по их поручениям федеральных органов государственной власти, а также органов государственной власти субъектов РФ информацией об угрозах безопасности Российской Федерации и ее вооруженных сил, а также участие в оперативном (контрразведывательном) обеспечении защиты государственной границы Российской Федерации.
Как и прежде, военная контрразведка обеспечивает руководство Минобороны и Генштаба, командование на местах информацией о предпосылках к чрезвычайным происшествиям в войсках и возникающих угрозах их безопасности, оказывает помощь в поддержании на должном уровне боеготовности и боеспособности частей и соединений, вносит весомый вклад в борьбу с негативными явлениями и фактами искривления дисциплинарной практики в воинских коллективах»[339].
Нет необходимости объяснять, что 1990-е годы стали для органов военной контрразведки сложнейшим временем. В стране и армии резко обострилась оперативная обстановка, в кадровом составе органов безопасности происходили очень болезненные процессы. Не все сотрудники смогли выдержать тот шквал подлой критики и несправедливых обвинений, которые «срежиссированно» сыпались в их адрес; многие опытные контрразведчики по той или иной причине ушли в запас. Все же основной состав органов военной контрразведки — как в центре, так и на местах — тогда сохранился.
